Author: Helm, Mark / Organizational unit: FB 09 Chemie, Pharmazie, Geographie und Geowissenschaften

1. In-Depth Immune-Oncology Studies of the Tumor Microenvironment in a Humanized Melanoma Mouse Model

Autoren:: Schupp, Jonathan; Christians, Arne; Zimmer, Niklas; Gleue, Lukas; Jonuleit, Helmut; Helm, Mark; Tuettenberg, Andrea
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Type:: Journal article

2. Experience with German Research Consortia in the Field of Chemical Biology of Native Nucleic Acid Modifications

Autoren:: Helm, Mark; Bohnsack, Markus T; Carell, Thomas; Dalpke, Alexander; Entian, Karl-Dieter; Ehrenhofer-Murray, Ann; Ficner, Ralf; Hammann, Christian; Ho''bartner, Claudia; Ja''schke, Andres; Jeltsch, Albert; Kaiser, Stefanie; Klassen, Roland; Leidel, Sebastian A; Marx, Andreas; Mo''rl, Mario; Meier, Jochen C; Meister, Gunter; Rentmeister, Andrea; Rodnina, Marina; Roignant, Jean-Yves; Schaffrath, Raffael; Stadler, Peter; Stafforst, Thorsten
Veröffentlichungsdatum:: 2023
Type:: Journal article

3. NanopoReaTA: a user-friendly tool for nanopore-seq real-time transcriptional analysis

Autoren:: Wierczeiko, Anna; Pastore, Stefan; Muendnich, Stefan; Busch, Anne M; Dietrich, Vincent; Helm, Mark; Butto, Tamer; Gerber, Susanne
Editoren:: Mathelier, Anthony
Veröffentlichungsdatum:: 2023
Type:: Journal article

4. Variability of Substrate Specificity of Serum Antibodies Obtained from Patients with Different Autoimmune and Viral Diseases in Reaction of tRNA Hydrolysis.

Autoren:: Vlassov, Alexander V; Helm, Mark; Florentz, Catherine; Naumov, Valery A; Breusov, Alexander A; Buneva, Valentina N; Giege, Richard; Nevinsky, Georgy A
Veröffentlichungsdatum:: 1999
Type:: Journal article

5. Quantification of substoichiometric modification reveals global tsRNA hypomodification, preferences for angiogenin-mediated tRNA cleavage, and idiosyncratic epitranscriptomes of human neuronal cell-lines

Autoren:: Pichot, Florian; Hogg, Marion C; Marchand, Virginie; Bourguignon, Valerie; Jirstrom, Elisabeth; Farrell, Cliona; Gibriel, Hesham A; Prehn, Jochen HM; Motorin, Yuri; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2023
Type:: Journal article

6. Phosphorylation found inside RNA

Autoren:: Helm, Mark; Motorin, Yuri
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Type:: Journal article

7. Therapeutic melanoma inhibition by local micelle-mediated cyclic nucleotide repression

Autoren:: Johann, Kerstin; Bohn, Toszka; Shahneh, Fatemeh; Luther, Natascha; Birke, Alexander; Jaurich, Henriette; Helm, Mark; Klein, Matthias; Raker, Verena K; Bopp, Tobias; Barz, Matthias; Becker, Christian
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Type:: Journal article

8. Non-Redundant tRNA Reference Sequences for Deep Sequencing Analysis of tRNA Abundance and Epitranscriptomic RNA Modifications

Autoren:: Pichot, Florian; Marchand, Virginie; Helm, Mark; Motorin, Yuri
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Type:: Journal article

9. HITS-CLIP analysis of human ALKBH8 points towards its role in tRNA and noncoding RNA regulation

Autoren:: Cavallin, Ivana; Bartošovič, Marek; Skalický, Tomas; Rengaraj, Praveenkumar; Schmidt-Dengler, Martina Christina; Drino, Aleksej; Helm, Mark; Vaňáčová, Štěpánka
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Type:: Preprint

10. The Effect of tRNA[Ser]Sec Isopentenylation on Selenoprotein Expression

Autoren:: Fradejas-Villar, Noelia; Bohleber, Simon; Zhao, Wenchao; Reuter, Uschi; Kotter, Annika; Helm, Mark; Knoll, Rainer; McFarland, Robert; Taylor, Robert W; Mo, Yufeng; Miyauchi, Kenjyo; Sakaguchi, Yuriko; Suzuki, Tsutomu; Schweizer, Ulrich
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Type:: Journal article

11. Gene Amplification-Associated Overexpression of the Selenoprotein tRNA Enzyme TRIT1 Confers Sensitivity to Arsenic Trioxide in Small-Cell Lung Cancer

Autoren:: Coll-SanMartin, Laia; Davalos, Veronica; Pineyro, David; Rossello-Tortella, Margalida; Bueno-Costa, Alberto; Setien, Fernando; Villanueva, Alberto; Granada, Isabel; Ruiz-Xiviller, Neus; Kotter, Annika; Helm, Mark; Yokota, Jun; Kawabata-Iwakawa, Reika; Kohno, Takashi; Esteller, Manel
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Type:: Journal article

12. Kti12, a PSTK-like tRNA dependent ATPase essential for tRNA modification by Elongator

Autoren:: Krutyholowa, Roscislaw; Hammermeister, Alexander; Zabel, Rene; Abdel-Fattah, Wael; Reinhardt-Tews, Annekathrin; Helm, Mark; Stark, Michael JR; Breunig, Karin D; Schaffrath, Raffael; Glatt, Sebastian
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Type:: Journal article

13. Analysis of the Cellular Roles of MOCS3 Identifies a MOCS3-Independent Localization of NFS1 at the Tips of the Centrosome

Autoren:: Neukranz, Yannika; Kotter, Annika; Beilschmidt, Lena; Marelja, Zvonimir; Helm, Mark; Graf, Ralph; Leimkuehler, Silke
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Type:: Journal article

14. Methods for RNA Modification Mapping Using Deep Sequencing: Established and New Emerging Technologies

Autoren:: Motorin, Yuri; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Type:: Journal article

15. Monitoring drug nanocarriers in human blood by near-infrared fluorescence correlation spectroscopy

Autoren:: Negwer, Inka; Best, Andreas; Schinnerer, Meike; Schaefer, Olga; Capeloa, Leon; Wagner, Manfred; Schmidt, Manfred; Mailaender, Volker; Helm, Mark; Barz, Matthias; Butt, Hans-Juergen; Koynov, Kaloian
Veröffentlichungsdatum:: 2018
Type:: Journal article

16. Double methylation of tRNA-U54 to 2′-O-methylthymidine (Tm) synergistically decreases immune response by Toll-like receptor 7

Autoren:: Keller, Patrick; Freund, Isabel; Marchand, Virginie; Bec, Guillaume; Huang, Raven; Motorin, Yuri; Eigenbrod, Tatjana; Dalpke, Alexander; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2018
Type:: Journal article

17. High-Throughput Mapping of 2'-O-Me Residues in RNA Using Next-Generation Sequencing (Illumina RiboMethSeq Protocol)

Autoren:: Marchand, Virginie; Ayadi, Lilia; El Hajj, Aseel; Blanloeil-Oillo, Florence; Helm, Mark; Motorin, Yuri
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Type:: Chapter

18. A Vastly Increased Chemical Variety of RNA Modifications Containing a Thioacetal Structure

Autoren:: Dal Magro, Christina; Keller, Patrick; Kotter, Annika; Werner, Stephan; Duarte, Victor; Marchand, Virginie; Ignarski, Michael; Freiwald, Anja; Mueller, Roman-Ulrich; Dieterich, Christoph; Motorin, Yuri; Butter, Falk; Atta, Mohamed; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2018
Type:: Journal article

19. A multifunctional bioconjugate module for versatile photoaffinity labeling and click chemistry of RNA

Autoren:: Kellner, Stefanie; Seidu-Larry, Salifu; Burhenne, Jürgen; Motorin, Yuri; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Type:: Journal article

20. Comprehensive DNA methylation analysis of the Aedes aegypti genome

Autoren:: Falckenhayn, Cassandra; Carneiro, Vitor Coutinho; Amarante, Anderson de Mendonca; Schmid, Katharina; Hanna, Katharina; Kang, Seokyoung; Helm, Mark; Dimopoulos, George; Fantappie, Marcelo Rosado; Lyko, Frank
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Type:: Journal article

21. Sulfur transfer and activation by ubiquitin-like modifier system Uba4•Urm1 link protein urmylation and tRNA thiolation in yeast

Autoren:: Juedes, Andre; Bruch, Alexander; Klassen, Roland; Helm, Mark; Schaffrath, Raffael
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Type:: Journal article

22. Mechanism and biological role of Dnmt2 in Nucleic Acid Methylation

Autoren:: Jeltsch, Albert; Ehrenhofer-Murray, Ann; Jurkowski, Tomasz P; Lyko, Frank; Reuterd, Gunter; Ankri, Serge; Nellen, Wolfgang; Schaefer, Matthias; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Type:: Journal article

23. High-throughput sequencing for 1-methyladenosine (m1A) mapping in RNA

Autoren:: Tserovski, Lyudmil; Marchand, Virginie; Hauenschild, Ralf; Blanloeil-Oillo, Florence; Helm, Mark; Motorin, Yuri
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Type:: Journal article

24. Eukaryotic rRNA Modification by Yeast 5-Methylcytosine-Methyltransferases and Human Proliferation-Associated Antigen p120

Autoren:: Bourgeois, Gabrielle; Ney, Michel; Gaspar, Imre; Aigueperse, Christelle; Schaefer, Matthias; Kellner, Stefanie; Helm, Mark; Motorin, Yuri
Editoren:: Preiss, Thomas
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Type:: Journal article

25. Stability of a Split Streptomycin Binding Aptamer

Autoren:: Nick, Thomas A; de Oliveira, Tiago E; Pilat, Dominik W; Spenkuch, Felix; Butt, Hans Juergen; Helm, Mark; Netz, Paulo A; Berger, Ruediger
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Type:: Journal article

26. Urmylation and tRNA thiolation functions of ubiquitin-like Uba4.Urm1 systems are conserved from yeast to man

Autoren:: Juedes, Andre; Ebert, Folke; Baer, Christian; Thuering, Kathrin L; Harrer, Aileen; Klassen, Roland; Helm, Mark; Stark, Michael JR; Schaffrath, Raffael
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Type:: Journal article

27. Cytosine methylation of tRNA-Asp by DNMT2 has a role in translation of proteins containing poly-Asp sequences

Autoren:: Shanmugam, Raghuvaran; Fierer, Jacob; Kaiser, Steffen; Helm, Mark; Jurkowski, Tomasz P; Jeltsch, Albert
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Type:: Journal article

28. Partial Methylation at Am100 in 18S rRNA of Baker's Yeast Reveals Ribosome Heterogeneity on the Level of Eukaryotic rRNA Modification

Autoren:: Buchhaupt, Markus; Sharma, Sunny; Kellner, Stefanie; Oswald, Stefanie; Paetzold, Melanie; Peifer, Christian; Watzinger, Peter; Schrader, Jens; Helm, Mark; Entian, Karl-Dieter
Editoren:: Preiss, Thomas
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Type:: Journal article

29. Related haloarchaeal pleomorphic viruses contain different genome types

Autoren:: Sencilo, Ana; Paulin, Lars; Kellner, Stefanie; Helm, Mark; Roine, Elina
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Type:: Journal article

30. The Dnmt2 RNA methyltransferase homolog of Geobacter sulfurreducens specifically methylates tRNA-Glu

Autoren:: Shanmugam, Raghuvaran; Aklujkar, Muktak; Schaefer, Matthias; Reinhardt, Richard; Nickel, Olaf; Reuter, Gunter; Lovley, Derek R; Ehrenhofer-Murray, Ann; Nellen, Wolfgang; Ankri, Serge; Helm, Mark; Jurkowski, Tomasz P; Jeltsch, Albert
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Type:: Journal article

31. Mapping the tRNA Binding Site on the Surface of Human DNMT2 Methyltransferase

Autoren:: Jurkowski, Tomasz P; Shanmugam, Raghuvaran; Helm, Mark; Jeltsch, Albert
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Type:: Journal article

32. Regulatory RNAs and beyond

Autoren:: Hammann, Christian; Hartmann, Roland K; Helm, Mark; Klostermeier, Dagmar; Marchfelder, Anita; Suess, Beatrix; Voertler, Stefan
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Type:: Journal article

33. Single-Molecule FRET Reveals a Cooperative Effect of Two Methyl Group Modifications in the Folding of Human Mitochondrial tRNALys

Autoren:: Kobitski, Andrei Yu; Hengesbach, Martin; Seidu-Larry, Salifu; Dammertz, Kirsten; Chow, Christine S; van Aerschot, Arthur; Nienhaus, G Ulrich; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Type:: Journal article

34. Measuring Single Small Molecule Binding via Rupture Forces of a Split Aptamer

Autoren:: Nguyen, Thi-Huong; Steinbock, Lorenz Jan; Butt, Hans-Juergen; Helm, Mark; Berger, Ruediger
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Type:: Journal article

35. Single-Molecule FRET Studies of Counterion Effects on the Free Energy Landscape of Human Mitochondrial Lysine tRNA

Autoren:: Dammertz, Kirsten; Hengesbach, Martin; Helm, Mark; Nienhaus, G Ulrich; Kobitski, Andrei Yu
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Type:: Journal article

36. Formation of a stalled early intermediate of pseudouridine synthesis monitored by real-time FRET

Autoren:: Hengesbach, Martin; Voigts-Hoffmann, Felix; Hofmann, Benjamin; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Type:: Journal article

37. In vivo down-regulation of mouse brain capillary P-glycoprotein: A preliminary investigation

Autoren:: Fuest, Christina; Bankstahl, Marion; Winter, Petra; Helm, Mark; Pekcec, Anton; Potschka, Heidrun
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Type:: Journal article

38. Use of DNAzymes for site-specific analysis of ribonucleotide modifications

Autoren:: Hengesbach, Martin; Meusburger, Madeleine; Lyko, Frank; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Type:: Journal article

39. Surveillance of siRNA integrity by FRET imaging

Autoren:: Jaerve, Anne; Mueller, Julius; Kim, II-Han; Rohr, Karl; MacLean, Caroline; Fricker, Gert; Massing, Ulrich; Eberle, Florian; Dalpke, Alexander; Fischer, Roger; Trendelenburg, Michael F; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Type:: Journal article

40. Molecular dysfunction associated with the human mitochondrial 3302A>G mutation in the MTTL1 (mt-tRNALeu(UUR)) gene

Autoren:: Maniura-Weber, Katharina; Helm, Mark; Engemann, Katrin; Eckertz, Sabrina; Moellers, Myriam; Schauen, Matthias; Hayrapetyan, Armine; von Kleist-Retzow, Juergen-Christoph; Lightowlers, Robert N; Bindoff, Laurence A; Wiesner, Rudolf J
Veröffentlichungsdatum:: 2006
Type:: Journal article

41. FRET Imaging of Cells Transfected with siRNA/Liposome Complexes

Autoren:: Kim, Il-Han; Järve, Anne; Hirsch, Markus; Fischer, Roger; Trendelenburg, Michael F; Massing, Ulrich; Rohr, Karl; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Type:: Journal article

42. Single-molecule Förster resonance energy transfer studies of RNA structure, dynamics and function

Autoren:: Helm, Mark; Kobitski, Andrei Yu; Nienhaus, G Ulrich
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Type:: Journal article

43. A Post-Labeling Approach for the Characterization and Quantification of RNA Modifications Based on Site-Directed Cleavage by DNAzymes

Autoren:: Meusburger, Madeleine; Hengesbach, Martin; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Type:: Journal article

44. <em>In vitro</em> tRNA Methylation Assay with the <em>Entamoeba histolytica</em> DNA and tRNA Methyltransferase Dnmt2 (Ehmeth) Enzyme

Autoren:: Tovy, Ayala; Hofmann, Benjamin; Helm, Mark; Ankri, Serge
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Type:: Journal article

45. RNA Intramolecular Dynamics by Single‐Molecule FRET

Autoren:: Hengesbach, Martin; Kobitski, Andrei; Voigts‐Hoffmann, Felix; Frauer, Carina; Nienhaus, G Ulrich; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Type:: Journal article

46. Stability of Alkyl Chain-Mediated Lipid Anchoring in Liposomal Membranes

Autoren:: Gleue, Lukas; Schupp, Jonathan; Zimmer, Niklas; Becker, Eyleen; Frey, Holger; Tuettenberg, Andrea; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Type:: Journal article

47. RNA Modifications Modulate Activation of Innate Toll-Like Receptors

Autoren:: Freund, Isabel; Eigenbrod, Tatjana; Helm, Mark; Dalpke, Alexander H
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Type:: Journal article

48. Identification of an optimized 2′-O-methylated trinucleotide RNA motif inhibiting Toll-like receptors 7 and 8

Autoren:: Schmitt, Felix CF; Freund, Isabel; Weigand, Markus A; Helm, Mark; Dalpke, Alexander H; Eigenbrod, Tatjana
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Type:: Journal article

49. Alkyne-Functionalized Coumarin Compound for Analytic and Preparative 4-Thiouridine Labeling

Autoren:: Schmid, Katharina; Adobes-Vidal, Maria; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Type:: Journal article

50. HITS-CLIP analysis of human ALKBH8 reveals interactions with fully processed substrate tRNAs and with specific noncoding RNAs

Autoren:: Cavallin, Ivana; Bartosovic, Marek; Skalicky, Tomas; Rengaraj, Praveenkumar; Demko, Martin; Schmidt-Dengler, Martina Christina; Drino, Aleksej; Helm, Mark; Vanacova, Stepanka
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Type:: Journal article

51. Functional integration of a semi-synthetic azido-queuosine derivative into translation and a tRNA modification circuit

Autoren:: Bessler, Larissa; Kaur, Navpreet; Vogt, Lea-Marie; Flemmich, Laurin; Siebenaller, Carmen; Winz, Marie-Luise; Tuorto, Francesca; Micura, Ronald; Ehrenhofer-Murray, Ann E; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Type:: Journal article

52. Queuosine-tRNA promotes sex-dependent learning and memory formation by maintaining codon-biased translation elongation speed

Autoren:: Cirzi, Cansu; Dyckow, Julia; Legrand, Carine; Schott, Johanna; Guo, Wei; Perez Hernandez, Daniel; Hisaoka, Miharu; Parlato, Rosanna; Pitzer, Claudia; van Der Hoeven, Franciscus; Dittmar, Gunnar; Helm, Mark; Stoecklin, Georg; Schirmer, Lucas; Lyko, Frank; Tuorto, Francesca
Veröffentlichungsdatum:: 2023
Type:: Journal article

53. Functional characterization of the human tRNA methyltransferases TRMT10A and TRMT10B

Autoren:: Vilardo, Elisa; Amman, Fabian; Toth, Ursula; Kotter, Annika; Helm, Mark; Rossmanith, Walter
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Type:: Journal article

54. FICC-Seq: a method for enzyme-specified profiling of methyl-5-uridine in cellular RNA

Autoren:: Carter, Jean-Michel; Emmett, Warren; Mozos, Igor RDL; Kotter, Annika; Helm, Mark; Ule, Jernej; Hussain, Shobbir
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Type:: Journal article

55. Next-Generation Sequencing-Based RiboMethSeq Protocol for Analysis of tRNA 2-O-Methylation

Autoren:: Marchand, Virginie; Pichot, Florian; Thuering, Kathrin; Ayadi, Lilia; Freund, Isabel; Dalpke, Alexander; Helm, Mark; Motorin, Yuri
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Type:: Journal article

56. Editorial: RNA modifications - what to read first?

Autoren:: Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Type:: Journal article

57. Diastereoselectivity of 5-Methyluridine Osmylation Is Inverted inside an RNA Chain

Autoren:: Tserovski, Lyudmil; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Type:: Journal article

58. The marbled crayfish as a paradigm for saltational speciation by autopolyploidy and parthenogenesis in animals

Autoren:: Vogt, Guenter; Falckenhayn, Cassandra; Schrimpf, Anne; Schmid, Katharina; Hanna, Katharina; Panteleit, Joern; Helm, Mark; Schulz, Ralf; Lyko, Frank
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Type:: Journal article

59. Variable presence of 5-methylcytosine in commercial RNA and DNA

Autoren:: Schmid, Katharina; Thuering, Kathrin; Keller, Patrick; Ochel, Antonia; Kellner, Stefanie; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Type:: Journal article

60. New Techniques to Assess In Vitro Release of siRNA from Nanoscale Polyplexes

Autoren:: Krieg, Bettina; Hirsch, Markus; Scholz, Erik; Nuhn, Lutz; Tabujew, Ilja; Bauer, Heiko; Decker, Sandra; Khobta, Andriy; Schmidt, Manfred; Tremel, Wolfgang; Zentel, Rudolf; Peneva, Kalina; Koynov, Kaloian; Mason, A James; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Type:: Journal article

61. Live cell imaging of duplex siRNA intracellular trafficking

Autoren:: Hirsch, Markus; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Type:: Journal article

62. Recognition of Specified RNA Modifications by the Innate Immune System

Autoren:: Eigenbrod, Tatjana; Keller, Patrick; Kaiser, Steffen; Rimbach, Katharina; Dalpke, Alexander H; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Type:: Journal article

63. Structure-function relationship of substituted bromomethylcoumarins in nucleoside specificity of RNA alkylation

Autoren:: Kellner, Stefanie; Kollar, Laura Bettina; Ochel, Antonia; Ghate, Manjunath; Helm, Mark
Editoren:: Meijler, Michael M
Veröffentlichungsdatum:: 2013
Type:: Journal article

64. RNA mediated Toll-like receptor stimulation in health and disease

Autoren:: Dalpke, Alexander H; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Type:: Journal article

65. Identification of modifications in microbial, native tRNA that suppress immunostimulatory activity

Autoren:: Gehrig, Stefanie; Eberle, Mariel-Esther; Botschen, Flavia; Rimbach, Katharina; Eberle, Florian; Eigenbrod, Tatjana; Kaiser, Steffen; Holmes, Walter M; Erdmann, Volker A; Sprinzl, Mathias; Bec, Guillaume; Keith, Gerard; Dalpke, Alexander H; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Type:: Journal article

66. Dye selection for live cell imaging of intact siRNA

Autoren:: Hirsch, Markus; Strand, Dennis; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Type:: Journal article

67. Functionalization of Liposomes with Hydrophilic Polymers Results in Macrophage Uptake Independent of the Protein Corona

Autoren:: Weber, Claudia; Voigt, Matthias; Simon, Johanna; Danner, Ann-Kathrin; Frey, Holger; Mailaender, Volker; Helm, Mark; Morsbach, Svenja; Landfester, Katharina
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Type:: Journal article

68. 2′-O-Methylation within Bacterial RNA Acts as Suppressor of TLR7/TLR8 Activation in Human Innate Immune Cells

Autoren:: Rimbach, Katharina; Kaiser, Steffen; Helm, Mark; Dalpke, Alexander H; Eigenbrod, Tatjana
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Type:: Journal article

69. Effect of a quaternary pentamine on RNA stabilization and enzymatic methylation

Autoren:: Hayrapetyan, Armine; Grosjean, Henri; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Type:: Journal article

70. Mg2+-dependent folding of a Diels-Alderase ribozyme probed by single-molecule FRET analysis

Autoren:: Kobitski, Andrei Yu; Nierth, Alexander; Helm, Mark; Jaeschke, Andres; Nienhaus, G Ulrich
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Type:: Journal article

71. A New Nuclear Function of the Entamoeba histolytica Glycolytic Enzyme Enolase: The Metabolic Regulation of Cytosine-5 Methyltransferase 2 (Dnmt2) Activity

Autoren:: Tovy, Ayala; Tov, Rama Siman; Gaentzsch, Ricarda; Helm, Mark; Ankri, Serge
Editoren:: Petri, William A
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Type:: Journal article

72. Human DNMT2 methylates tRNAAsp molecules using a DNA methyltransferase-like catalytic mechanism

Autoren:: Jurkowski, Tomasz P; Meusburger, Madeleine; Phalke, Sameer; Helm, Mark; Nellen, Wolfgang; Reuter, Gunter; Jeltsch, Albert
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Type:: Journal article

73. Expanding the chemical scope of RNA : methyltransferases to site-specific alkynylation of RNA for click labeling

Autoren:: Motorin, Yuri; Burhenne, Jürgen; Teimer, Roman; Koynov, Kaloian; Willnow, Sophie; Weinhold, Elmar; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Type:: Journal article

74. RNA methylation by Dnmt2 protects transfer RNAs against stress-induced cleavage

Autoren:: Schaefer, Matthias; Pollex, Tim; Hanna, Katharina; Tuorto, Francesca; Meusburger, Madeleine; Helm, Mark; Lyko, Frank
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Type:: Journal article

75. Detection of RNA modifications

Autoren:: Kellner, Stefanie; Burhenne, Juergen; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Type:: Journal article

76. A modified guanosine phosphoramidite for click functionalization of RNA on the sugar edge

Autoren:: Seidu-Larry, Salifu; Krieg, Bettina; Hirsch, Markus; Helm, Mark; Domingo, Olwen
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Type:: Journal article

77. RNA modifications in physiology and disease: towards clinical applications

Autoren:: Delaunay, Sylvain; Helm, Mark; Frye, Michaela
Veröffentlichungsdatum:: 2024
Type:: Journal article

78. Synthesis of point-modified mRNA

Autoren:: Hertler, Jasmin; Slama, Kaouthar; Schober, Benedikt; Ozrendeci, Zeynep; Marchand, Virginie; Motorin, Yuri; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Type:: Journal article

79. An epigenetic 'extreme makeover': the methylation of flaviviral RNA (and beyond)

Autoren:: Ruggieri, Alessia; Helm, Mark; Chatel-Chaix, Laurent
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Type:: Journal article

80. dLimited antibody specificity compromises epitranscriptomic analyses

Autoren:: Helm, Mark; Lyko, Frank; Motorin, Yuri
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Type:: Journal article

81. Determination of enrichment factors for modified RNA in MeRIP experiments

Autoren:: Slama, Kaouthar; Galliot, Aurellia; Weichmann, Franziska; Hertler, Jasmin; Feederle, Regina; Meister, Gunter; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Type:: Journal article

82. A tRNA half modulates translation as stress response in Trypanosoma brucei

Autoren:: Fricker, Roger; Brogli, Rebecca; Luidalepp, Hannes; Wyss, Leander; Fasnacht, Michel; Joss, Oliver; Zywicki, Marek; Helm, Mark; Schneider, Andre; Cristodero, Marina; Polacek, Norbert
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Type:: Journal article

83. AlkAniline-Seq: Profiling of m7G and m3C RNA Modifications at Single Nucleotide Resolution

Autoren:: Marchand, Virginie; Ayadi, Lilia; Ernst, Felix GM; Herder, Jasmin; Bourguignon-Igel, Valerie; Galvanin, Adeline; Kotter, Annika; Helm, Mark; Lafontaine, Denis LJ; Motorin, Yuri
Veröffentlichungsdatum:: 2018
Type:: Journal article

84. Engineering of a DNA Polymerase for Direct m6A Sequencing

Autoren:: Aschenbrenner, Joos; Werner, Stephan; Marchand, Virginie; Adam, Martina; Motorin, Yuri; Helm, Mark; Marx, Andreas
Veröffentlichungsdatum:: 2018
Type:: Journal article

85. LC-MS Analysis of Methylated RNA

Autoren:: Thuering, Kathrin; Schmid, Katharina; Keller, Patrick; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Type:: Chapter

86. Modulation of Mitochondriotropic Properties of Cyanine Dyes by in Organello Copper-Free Click Reaction

Autoren:: Negwer, Inka; Hirsch, Markus; Kaloyanova, Stefka; Brown, Tom; Peneva, Kalina; Butt, Hans-Juergen; Koynov, Kaloian; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Type:: Journal article

87. Detecting RNA modifications in the epitranscriptome: predict and validate

Autoren:: Helm, Mark; Motorin, Yuri
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Type:: Journal article

88. Dihydrouridine in the Transcriptome: New Life for This Ancient RNA Chemical Modification

Autoren:: Bregeon, Damien; Pecqueur, Ludovic; Toubdji, Sabrine; Sudol, Claudia; Lombard, Murielle; Fontecave, Marc; de Crecy-Lagard, Valerie; Motorin, Yuri; Helm, Mark; Hamdane, Djemel
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Type:: Journal article

89. Analysis of RNA modifications by liquid chromatography-tandem mass spectrometry

Autoren:: Thuering, Kathrin; Schmid, Katharina; Keller, Patrick; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Type:: Journal article

90. A modified dinucleotide motif specifies tRNA recognition by TLR7

Autoren:: Kaiser, Steffen; Rimbach, Katharina; Eigenbrod, Tatjana; Dalpke, Alexander H; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Type:: Journal article

91. RNA cytosine methylation by Dnmt2 and NSun2 promotes tRNA stability and protein synthesis

Autoren:: Tuorto, Francesca; Liebers, Reinhard; Musch, Tanja; Schaefer, Matthias; Hofmann, Sarah; Kellner, Stefanie; Frye, Michaela; Helm, Mark; Stoecklin, Georg; Lyko, Frank
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Type:: Journal article

92. Cationic Nanohydrogel Particles as Potential siRNA Carriers for Cellular Delivery

Autoren:: Nuhn, Lutz; Hirsch, Markus; Krieg, Bettina; Koynov, Kaloian; Fischer, Karl; Schmidt, Manfred; Helm, Mark; Zentel, Rudolf
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Type:: Journal article

93. Illumina-based RiboMethSeq approach for mapping of 2'-O-Me residues in RNA

Autoren:: Marchand, Virginie; Blanloeil-Oillo, Florence; Helm, Mark; Motorin, Yuri
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Type:: Journal article

94. Dynamic modulation of Dnmt2-dependent tRNA methylation by the micronutrient queuine

Autoren:: Mueller, Martin; Hartmann, Mark; Schuster, Isabelle; Bender, Sebastian; Thuering, Kathrin L; Helm, Mark; Katze, Jon R; Nellen, Wolfgang; Lyko, Frank; Ehrenhofer-Murray, Ann E
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Type:: Journal article

95. Pseudouridine: Still mysterious, but never a fake (uridine)!

Autoren:: Spenkuch, Felix; Motorin, Yuri; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Type:: Journal article

96. Posttranscriptional RNA Modifications: Playing Metabolic Games in a Cell's Chemical Legoland

Autoren:: Helm, Mark; Alfonzo, Juan D
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Type:: Journal article

97. MODOMICS: a database of RNA modification pathways. 2017 update

Autoren:: Boccaletto, Pietro; Machnicka, Magdalena A; Purta, Elzbieta; Piatkowski, Pawe; Baginski, Blazej; Wirecki, Tomasz K; de Crecy-Lagard, Valerie; Ross, Robert; Limbach, Patrick A; Kotter, Annika; Helm, Mark; Bujnicki, Janusz M
Veröffentlichungsdatum:: 2018
Type:: Journal article

98. 5-methylcytosine in RNA: detection, enzymatic formation and biological functions

Autoren:: Motorin, Yuri; Lyko, Frank; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Type:: Journal article

99. Preparation of small amounts of sterile siRNA-liposomes with high entrapping efficiency by dual asymmetric centrifugation (DAC)

Autoren:: Hirsch, Markus; Ziroli, Vittorio; Helm, Mark; Massing, Ulrich
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Type:: Journal article

100. A methyl group controls conformational equilibrium in human mitochondrial tRNALys

Autoren:: Voigts-Hoffmann, Felix; Hengesbach, Martin; Kobitski, Andrei Yu; van Aerschot, Arthur; Herdewijn, Piet; Nienhaus, G Ulrich; Helm, Mark
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Type:: Journal article

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