Open Access Status: OA für DOAJ / Organisationseinheit: FB 10 Biologie

1. Computing fuzzy associations for the analysis of biological literature

Autoren:: Perez-Iratxeta, C; Keer, HS; Bork, P; Andrade, MA
Veröffentlichungsdatum:: 2002
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

2. Remodeling the cellular stress response for enhanced genetic code expansion in mammalian cells

Autoren:: Sushkin, Mikhail E; Koehler, Christine; Lemke, Edward A
Veröffentlichungsdatum:: 2023
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

3. Pathogenic Variants in USH1G/SANS Alter Protein Interaction with Pre-RNA Processing Factors PRPF6 and PRPF31 of the Spliceosome

Autoren:: Fritze, Jacques S; Stiehler, Felizitas F; Wolfrum, Uwe
Veröffentlichungsdatum:: 2023
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

4. Domain swapping reveals that the N-terminal domain of the sensor kinase KdpD in Escherichia coli is important for signaling

Autoren:: Heermann, Ralf; Lippert, Marie-Luise; Jung, Kirsten
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

5. Simple generation of site-directed point mutations in the Escherichia coli chromosome using Red®/ET® recombination

Autoren:: Heermann, Ralf; Zeppenfeld, Tim; Jung, Kirsten
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

6. Comparative analysis of the Photorhabdus luminescens and the Yersinia enterocolitica genomes:: uncovering candidate genes involved in insect pathogenicity

Autoren:: Heermann, Ralf; Fuchs, Thilo M
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

7. Two novel XRE-like transcriptional regulators control phenotypic heterogeneity in Photorhabdus luminescens cell populations

Autoren:: Eckstein, Simone; Brehm, Jannis; Seidel, Michael; Lechtenfeld, Mats; Heermann, Ralf
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

8. Interkingdom Signaling of the Insect Pathogen Photorhabdus luminescens with Plants Via the LuxR solo SdiA

Autoren:: Dominelli, Nazzareno; Regaiolo, Alice; Willy, Leon; Heermann, Ralf
Veröffentlichungsdatum:: 2023
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

9. The Leber Congenital Amaurosis Protein AIPL1 and EB Proteins Co-Localize at the Photoreceptor Cilium

Autoren:: Hidalgo-de-Quintana, Juan; Schwarz, Nele; Meschede, Ingrid P; Stern-Schneider, Gabriele; Powner, Michael B; Morrison, Ewan E; Futter, Clare E; Wolfrum, Uwe; Cheetham, Michael E; van der Spuy, Jacqueline
Editoren:: Li, Tiansen
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

10. Efficient gene delivery to photoreceptors using AAV2/rh10 and rescue of the Rho-/- mouse

Autoren:: Palfi, Arpad; Chadderton, Naomi; O'Reilly, Mary; Nagel-Wolfrum, Kerstin; Wolfrum, Uwe; Bennett, Jean; Humphries, Peter; Kenna, Paul; Millington-Ward, Sophia; Farrar, Jane
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

11. Successful Subretinal Delivery and Monitoring of MicroBeads in Mice

Autoren:: Fischer, M Dominik; Goldmann, Tobias; Wallrapp, Christine; Muehlfriedel, Regine; Beck, Susanne C; Stern-Schneider, Gabi; Ueffing, Marius; Wolfrum, Uwe; Seeliger, Mathias W
Editoren:: Cho, Kin-Sang
Veröffentlichungsdatum:: 2013
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

12. The GTP- and Phospholipid-Binding Protein TTD14 Regulates Trafficking of the TRPL Ion Channel in Drosophila Photoreceptor Cells

Autoren:: Cerny, Alexander C; Altendorfer, Andre; Schopf, Krystina; Baltner, Karla; Maag, Nathalie; Sehn, Elisabeth; Wolfrum, Uwe; Huber, Armin
Editoren:: Desplan, Claude
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

13. TALPID3 controls centrosome and cell polarity and the human ortholog KIAA0586 is mutated in Joubert syndrome (JBTS23)

Autoren:: Stephen, Louise A; Tawamie, Hasan; Davis, Gemma M; Tebbe, Lars; Nuernberg, Peter; Nuernberg, Gudrun; Thiele, Holger; Thoenes, Michaela; Boltshauser, Eugen; Uebe, Steffen; Rompel, Oliver; Reis, Andre; Ekici, Arif B; McTeir, Lynn; Fraser, Amy M; Hall, Emma A; Mill, Pleasantine; Daudet, Nicolas; Cross, Courtney; Wolfrum, Uwe; Abou Jamra, Rami; Davey, Megan G; Bolz, Hanno J
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

14. Estrogen receptor α regulates non-canonical autophagy that provides stress resistance to neuroblastoma and breast cancer cells and involves BAG3 function

Autoren:: Felzen, V; Hiebel, C; Koziollek-Drechsler, I; Reissig, S; Wolfrum, U; Koegel, D; Brandts, C; Behl, C; Morawe, T
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

15. The Adhesion G-Protein-Coupled Receptor GPR115/ADGRF4 Regulates Epidermal Differentiation and Associates with Cytoskeletal KRT1

Autoren:: Winkler, Romy; Quaas, Marianne; Glasmacher, Stefan; Wolfrum, Uwe; Thalheim, Torsten; Galle, Joerg; Krohn, Knut; Magin, Thomas M; Aust, Gabriela
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

16. The features of polyglutamine regions depend on their evolutionary stability

Autoren:: Mier, Pablo; Andrade-Navarro, Miguel A
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

17. Glutamine Codon Usage and polyQ Evolution in Primates Depend on the Q Stretch Length

Autoren:: Mier, Pablo; Andrade-Navarro, Miguel A
Veröffentlichungsdatum:: 2018
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

18. Inconsistencies over time in 5% of NetAffx probe-to-gene annotations

Autoren:: Perez-Iratxeta, C; Andrade, MA
Veröffentlichungsdatum:: 2005
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

19. Ranking the whole MEDLINE database according to a large training set using text indexing

Autoren:: Suomela, BP; Andrade, MA
Veröffentlichungsdatum:: 2005
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

20. Pseudogenes as an alternative source of natural antisense transcripts

Autoren:: Muro, Enrique M; Andrade-Navarro, Miguel A
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

21. ChIP on SNP-chip for genome-wide analysis of human histone H4 hyperacetylation

Autoren:: McCann, Jennifer A; Muro, Enrique M; Palmer, Claire; Palidwor, Gareth; Porter, Christopher J; Andrade-Navarro, Miguel A; Rudnicki, Michael A
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

22. Adding Protein Context to the Human Protein-Protein Interaction Network to Reveal Meaningful Interactions

Autoren:: Schaefer, Martin H; Lopes, Tiago JS; Mah, Nancy; Shoemaker, Jason E; Matsuoka, Yukiko; Fontaine, Jean-Fred; Louis-Jeune, Caroline; Eisfeld, Amie J; Neumann, Gabriele; Perez-Iratxeta, Carol; Kawaoka, Yoshihiro; Kitano, Hiroaki; Andrade-Navarro, Miguel A
Editoren:: Rzhetsky, Andrey
Veröffentlichungsdatum:: 2013
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

23. Molecular Insights into Reprogramming-Initiation Events Mediated by the OSKM Gene Regulatory Network

Autoren:: Mah, Nancy; Wang, Ying; Liao, Mei-Chih; Prigione, Alessandro; Jozefczuk, Justyna; Lichtner, Bjoern; Wolfrum, Katharina; Haltmeier, Manuela; Floettmann, Max; Schaefer, Martin; Hahn, Alexander; Mrowka, Ralf; Klipp, Edda; Andrade-Navarro, Miguel A; Adjaye, James
Editoren:: Hoheisel, Jörg D
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

24. MedlineRanker: flexible ranking of biomedical literature

Autoren:: Fontaine, Jean-Fred; Barbosa-Silva, Adriano; Schaefer, Martin; Huska, Matthew R; Muro, Enrique M; Andrade-Navarro, Miguel A
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

25. Detection of Alpha-Rod Protein Repeats Using a Neural Network and Application to Huntingtin

Autoren:: Palidwor, Gareth A; Shcherbinin, Sergey; Huska, Matthew R; Rasko, Tamas; Stelzl, Ulrich; Arumughan, Anup; Fouiie, Raphaele; Porras, Pablo; Sanchez-Pulido, Luis; Wanker, Erich E; Andrade-Navarro, Miguel A
Editoren:: Bourne, Philip E
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

26. Development and application of a DNA microarray-based yeast two-hybrid system

Autoren:: Suter, Bernhard; Fontaine, Jean-Fred; Yildirimman, Reha; Rasko, Tamas; Schaefer, Martin H; Rasche, Axel; Porras, Pablo; Vazquez-Alvarez, Blanca M; Russ, Jenny; Rau, Kirstin; Foulle, Raphaele; Zenkner, Martina; Saar, Kathrin; Herwig, Ralf; Andrade-Navarro, Miguel A; Wanker, Erich E
Veröffentlichungsdatum:: 2013
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

27. PU.1 Level-Directed Chromatin Structure Remodeling at the Irf8 Gene Drives Dendritic Cell Commitment

Autoren:: Schoenheit, Joerg; Kuhl, Christiane; Gebhardt, Marie Luise; Klett, Francisco Fernandez; Riemke, Pia; Scheller, Marina; Huang, Gang; Naumann, Ronald; Leutz, Achim; Stocking, Carol; Priller, Josef; Andrade-Navarro, Miguel A; Rosenbauer, Frank
Veröffentlichungsdatum:: 2013
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

28. NHC-gold compounds mediate immune suppression through induction of AHR-TGFβ1 signalling in vitro and in scurfy mice

Autoren:: Cheng, Xinlai; Haeberle, Stefanie; Shytaj, Iart Luca; Gama-Brambila, Rodrigo A; Theobald, Jannick; Ghafoory, Shahrouz; Woelker, Jessica; Basu, Uttara; Schmidt, Claudia; Timm, Annika; Taskova, Katerina; Bauer, Andrea S; Hoheisel, Joerg; Tsopoulidis, Nikolaos; Fackler, Oliver T; Savarino, Andrea; Andrade-Navarro, Miguel A; Ott, Ingo; Lusic, Marina; Hadaschik, Eva N; Woelfl, Stefan
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

29. LAITOR - Literature Assistant for Identification of Terms co-Occurrences and Relationships

Autoren:: Barbosa-Silva, Adriano; Soldatos, Theodoros G; Magalhaes, Ivan LF; Pavlopoulos, Georgios A; Fontaine, Jean-Fred; Andrade-Navarro, Miguel A; Schneider, Reinhard; Ortega, J Miguel
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

30. Taxonomic colouring of phylogenetic trees of protein sequences

Autoren:: Palidwor, G; Reynaud, EG; Andrade-Navarro, MA
Veröffentlichungsdatum:: 2006
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

31. Systematic association of genes to phenotypes by genome and literature mining

Autoren:: Korbel, JO; Doerks, T; Jensen, LJ; Perez-Iratxeta, C; Kaczanowski, S; Hooper, SD; Andrade, MA; Bork, P
Editoren:: Roberts, Richard J
Veröffentlichungsdatum:: 2005
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

32. PESCADOR, a web-based tool to assist text-mining of biointeractions extracted from PubMed queries

Autoren:: Barbosa-Silva, Adriano; Fontaine, Jean-Fred; Donnard, Elisa R; Stussi, Fernanda; Miguel Ortega, J; Andrade-Navarro, Miguel A
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

33. Preimplantation development regulatory pathway construction through a text-mining approach

Autoren:: Donnard, Elisa; Barbosa-Silva, Adriano; Guedes, Rafael LM; Fernandes, Gabriel R; Velloso, Henrique; Kohn, Matthew J; Andrade-Navarro, Miguel A; Ortega, J Miguel
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

34. The Protein-Protein Interaction tasks of BioCreative III: classification/ranking of articles and linking bio-ontology concepts to full text

Autoren:: Krallinger, Martin; Vazquez, Miguel; Leitner, Florian; Salgado, David; Chatr-aryamontri, Andrew; Winter, Andrew; Perfetto, Livia; Briganti, Leonardo; Licata, Luana; Iannuccelli, Marta; Castagnoli, Luisa; Cesareni, Gianni; Tyers, Mike; Schneider, Gerold; Rinaldi, Fabio; Leaman, Robert; Gonzalez, Graciela; Matos, Sergio; Kim, Sun; Wilbur, W John; Rocha, Luis; Shatkay, Hagit; Tendulkar, Ashish V; Agarwal, Shashank; Liu, Feifan; Wang, Xinglong; Rak, Rafal; Noto, Keith; Elkan, Charles; Lu, Zhiyong; Dogan, Rezarta Islamaj; Fontaine, Jean-Fred; Andrade-Navarro, Miguel A; Valencia, Alfonso
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

35. DiseaseLinc: Disease Enrichment Analysis of Sets of Differentially Expressed LincRNAs

Autoren:: More, Piyush; Talyan, Sweta; Fontaine, Jean-Fred; Muro, Enrique M; Andrade-Navarro, Miguel A
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

36. Analysis of Huntington's Disease Modifiers Using the Hyperbolic Mapping of the Protein Interaction Network

Autoren:: Vagiona, Aimilia-Christina; Mier, Pablo; Petrakis, Spyros; Andrade-Navarro, Miguel A
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

37. FASTA Herder: a web application to trim protein sequence sets

Autoren:: Louis-Jeune, Caroline; Andrade-Navarro, Miguel A; Perez-Iratxeta, Carol
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

38. Correcting for the study bias associated with protein-protein interaction measurements reveals differences between protein degree distributions from different cancer types

Autoren:: Schaefer, Martin H; Serrano, Luis; Andrade, Miguel
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

39. Geometric characterisation of disease modules

Autoren:: Härtner, Franziska; Andrade-Navarro, Miguel A; Alanis-Lobato, Gregorio
Veröffentlichungsdatum:: 2018
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

40. QiSampler: evaluation of scoring schemes for high-throughput datasets using a repetitive sampling strategy on gold standards

Autoren:: Fontaine, Jean F; Suter, Bernhard; Andrade-Navarro, Miguel A
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

41. Getting in (and out of) the loop: regulating higher order telomere structures

Autoren:: Luke-Glaser, Sarah; Poschke, Heiko; Luke, Brian
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

42. GDAP1 loss of function inhibits the mitochondrial pyruvate dehydrogenase complex by altering the actin cytoskeleton

Autoren:: Wolf, Christina; Pouya, Alireza; Bitar, Sara; Pfeiffer, Annika; Bueno, Diones; Rojas-Charry, Liliana; Arndt, Sabine; Gomez-Zepeda, David; Tenzer, Stefan; Bello, Federica Dal; Vianello, Caterina; Ritz, Sandra; Schwirz, Jonas; Dobrindt, Kristina; Peitz, Michael; Hanschmann, Eva-Maria; Mencke, Pauline; Boussaad, Ibrahim; Silies, Marion; Brüstle, Oliver; Giacomello, Marta; Krüger, Rejko; Methner, Axel
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

43. Detection of features predictive of microRNA targets by integration of network data

Autoren:: Cihan, Mert; Andrade-Navarro, Miguel A
Editoren:: Lu, Kun
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

44. Manifold learning and maximum likelihood estimation for hyperbolic network embedding

Autoren:: Alanis-Lobato, Gregorio; Mier, Pablo; Andrade-Navarro, Miguel A
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

45. Dynamics of a Protein Interaction Network Associated to the Aggregation of polyQ-Expanded Ataxin-1

Autoren:: Vagiona, Aimilia-Christina; Andrade-Navarro, Miguel A; Psomopoulos, Fotis; Petrakis, Spyros
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

46. Proteome-wide comparison between the amino acid composition of domains and linkers

Autoren:: Brüne, Daniel; Andrade-Navarro, Miguel A; Mier, Pablo
Veröffentlichungsdatum:: 2018
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

47. Populations of local direction-selective cells encode global motion patterns generated by self-motion

Autoren:: Henning, Miriam; Ramos-Traslosheros, Giordano; Guer, Burak; Silies, Marion
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

48. Role of the ESCRT Complexes in Telomere Biology

Autoren:: Dieckmann, Anna K; Babin, Vera; Harari, Yaniv; Eils, Roland; Koenig, Rainer; Luke, Brian; Kupiec, Martin
Editoren:: Nielsen, Kirsten
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

49. The Mph1 helicase can promote telomere uncapping and premature senescence in budding yeast

Autoren:: Luke-Glaser, Sarah; Luke, Brian
Editoren:: Lustig, Arthur J
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

50. Rif2 promotes a telomere fold-back structure through Rpd3L recruitment in budding yeast

Autoren:: Poschke, Heiko; Dees, Martina; Chang, Michael; Amberkar, Sandeep; Kaderali, Lars; Rothstein, Rodney; Luke, Brian
Editoren:: Griffith, Jack D
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

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