Datenquelle: Europe PubMed Central and DBLP - Universitätsbibliographie Suchergebnisse

1. Meshless Modeling of Deformable Shapes and their Motion.

Autoren:: Adams, Bart; Ovsjanikov, Maks; Wand, Michael; Seidel, Hans-Peter; Guibas, Leonidas J
Editoren:: Gross, Markus H; James, Doug L
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Typ:: Konferenzbeitrag

2. Comparative phyloinformatics of virus genes at micro and macro levels in a distributed computing environment

Autoren:: Singh, Dadabhai T; Trehan, Rahul; Schmidt, Bertil; Bretschneider, Timo
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

3. RabbitMash: accelerating hash-based genome analysis on modern multi-core architectures

Autoren:: Yin, Zekun; Xu, Xiaoming; Zhang, Jinxiao; Wei, Yanjie; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Editoren:: Elofsson, Arne
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

4. MoSGrid – a molecular simulation grid as a new tool in computational chemistry, biology and material science

Autoren:: Birkenheuer, G; Blunk, D; Breuers, S; Brinkmann, A; dos Santos Vieira, I; Fels, G; Gesing, S; Grunzke, R; Herres-Pawlis, S; Kohlbacher, O; Kruber, N; Krüger, J; Lang, U; Packschies, L; Müller-Pfefferkorn, R; Schäfer, P; Schmalz, H-G; Steinke, T; Warzecha, K-D; Wewior, M
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

5. Molecular simulation grid

Autoren:: Krüger, Jens; Birkenheuer, Georg; Blunk, Dirk; Breuers, Sebastian; Brinkmann, André; Fels, Gregor; Gesing, Sandra; Grunzke, Richard; Kohlbacher, Oliver; Kruber, Nico; Lang, Ulrich; Packschies, Lars; Müller-Pfefferkorn, Ralph; Herres-Pawlis, Sonja; Schäfer, Patrick; Schmalz, Hans-Günther; Steinke, Thomas; Warzecha, Klaus-Dieter; Wewior, Martin
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

6. rapidGSEA: Speeding up gene set enrichment analysis on multi-core CPUs and CUDA-enabled GPUs

Autoren:: Hundt, Christian; Hildebrandt, Andreas; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

7. MSAProbs-MPI: parallel multiple sequence aligner for distributed-memory systems

Autoren:: Gonzalez-Dominguez, Jorge; Liu, Yongchao; Tourino, Juan; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

8. kmcEx: memory-frugal and retrieval-efficient encoding of counted k-mers

Autoren:: Jiang, Peng; Luo, Jie; Wang, Yiqi; Deng, Pingji; Schmidt, Bertil; Tang, Xiangjun; Chen, Ningjiang; Wong, Limsoon; Zhao, Liang
Editoren:: Berger, Bonnie
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

9. Fast and efficient short read mapping based on a succinct hash index

Autoren:: Zhang, Haowen; Chan, Yuandong; Fan, Kaichao; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Veröffentlichungsdatum:: 2018
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

10. CLOVE: classification of genomic fusions into structural variation events

Autoren:: Schroder, Jan; Wirawan, Adrianto; Schmidt, Bertil; Papenfuss, Anthony T
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

11. Parallel algorithms for large-scale biological sequence alignment on Xeon-Phi based clusters

Autoren:: Lan, Haidong; Chan, Yuandong; Xu, Kai; Schmidt, Bertil; Peng, Shaoliang; Liu, Weiguo
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

12. Parallel and Space-Efficient Construction of Burrows-Wheeler Transform and Suffix Array for Big Genome Data

Autoren:: Liu, Yongchao; Hankeln, Thomas; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

13. SNVSniffer: an integrated caller for germline and somatic single-nucleotide and indel mutations

Autoren:: Liu, Yongchao; Loewer, Martin; Aluru, Srinivas; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

14. A Parallel Algorithm for Error Correction in High-Throughput Short-Read Data on CUDA-Enabled Graphics Hardware

Autoren:: Shi, Haixiang; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo; Mueller-Wittig, Wolfgang
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

15. Efficient and Accurate OTU Clustering with GPU-Based Sequence Alignment and Dynamic Dendrogram Cutting

Autoren:: Thuy-Diem, Nguyen; Schmidt, Bertil; Zheng, Zejun; Kwoh, Chee-Keong
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

16. A hybrid short read mapping accelerator

Autoren:: Chen, Yupeng; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L
Veröffentlichungsdatum:: 2013
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

17. CUDA-BLASTP: Accelerating BLASTP on CUDA-Enabled Graphics Hardware

Autoren:: Liu, Weiguo; Schmidt, Bertil; Mueller-Wittig, Wolfgang
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

18. DecGPU: distributed error correction on massively parallel graphics processing units using CUDA and MPI

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

19. CompleteMOTIFs: DNA motif discovery platform for transcription factor binding experiments

Autoren:: Kuttippurathu, Lakshmi; Hsing, Michael; Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L; Lee, Kyungjoon; He, Aibin; Pu, William T; Kong, Sek Won
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

20. Multi-threaded vectorized distance matrix computation on the CELL/BE and x86/SSE2 architectures

Autoren:: Wirawan, Adrianto; Kwoh, Chee Keong; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

21. High Speed Biological Sequence Analysis With Hidden Markov Models on Reconfigurable Platforms

Autoren:: Oliver, Timothy F; Schmidt, Bertil; Jakop, Yanto; Maskell, Douglas L
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

22. A fast hybrid short read fragment assembly algorithm

Autoren:: Schmidt, Bertil; Sinha, Ranjan; Beresford-Smith, Bryan; Puglisi, Simon J
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

23. SHREC: a short-read error correction method

Autoren:: Schroeder, Jan; Schroeder, Heiko; Puglisi, Simon J; Sinha, Ranjan; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

24. CBESW: Sequence Alignment on the Playstation 3

Autoren:: Wirawan, Adrianto; Kwoh, Chee Keong; Hieu, Nim Tri; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

25. A hybrid computational grid architecture for comparative genomics

Autoren:: Singh, Aarti; Chen, Chen; Liu, Weiguo; Mitchell, Wayne; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

26. Predicting peptides binding to MHC class II molecules using multi-objective evolutionary algorithms

Autoren:: Rajapakse, Menaka; Schmidt, Bertil; Feng, Lin; Brusic, Vladimir
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

27. An Analysis of the Influence of Noneffective Instructions in Linear Genetic Programming

Autoren:: Sotto, Leo Francoso Dal Piccol; Rothlauf, Franz; de Melo, Vinicius Veloso; Basgalupp, Marcio P
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

28. Parallelizing Epistasis Detection in GWAS on FPGA and GPU-Accelerated Computing Systems

Autoren:: Gonzalez-Dominguez, Jorge; Wienbrandt, Lars; Kaessens, Jan Christian; Ellinghaus, David; Schimmler, Manfred; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

29. A critical review of machine-learning for "multi-omics" marine metabolite datasets

Autoren:: Manochkumar, Janani; Cherukuri, Aswani Kumar; Kumar, Raju Suresh; Almansour, Abdulrahman I; Ramamoorthy, Siva; Efferth, Thomas
Veröffentlichungsdatum:: 2023
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

30. Using reconfigurable hardware to accelerate multiple sequence alignment with ClustalW

Autoren:: Oliver, T; Schmidt, B; Nathan, D; Clemens, R; Maskell, D
Veröffentlichungsdatum:: 2005
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

31. RabbitFX: Efficient Framework for FASTA/Q File Parsing on Modern Multi-Core Platforms

Autoren:: Zhang, Hao; Song, Honglei; Xu, Xiaoming; Chang, Qixin; Wang, Mingkai; Wei, Yanjie; Yin, Zekun; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Veröffentlichungsdatum:: 2023
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

32. MSAProbs: multiple sequence alignment based on pair hidden Markov models and partition function posterior probabilities

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

33. RabbitKSSD: accelerating genome distance estimation on modern multi-core architectures

Autoren:: Xu, Xiaoming; Yin, Zekun; Yan, Lifeng; Yi, Huiguang; Wang, Hua; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Editoren:: Marschall, Tobias
Veröffentlichungsdatum:: 2023
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

34. In silico drug discovery of major metabolites from spices as SARS-CoV-2 main protease inhibitors

Autoren:: Ibrahim, Mahmoud AA; Abdelrahman, Alaa HM; Hussien, Taha A; Badr, Esraa AA; Mohamed, Tarik A; El-Seedi, Hesham R; Pare, Paul W; Efferth, Thomas; Hegazy, Mohamed-Elamir F
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

35. Assessing statistical significance in multivariable genome wide association analysis

Autoren:: Buzdugan, Laura; Kalisch, Markus; Navarro, Arcadi; Schunk, Daniel; Fehr, Ernst; Buhlmann, Peter
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

36. Screening of potent phytochemical inhibitors against SARS-CoV-2 protease and its two Asian mutants

Autoren:: Muhammad, Ijaz; Rahman, Noor; Gul-E-Nayab, ; Niaz, Sadaf; Basharat, Zarrin; Rastrelli, Luca; Jayanthi, Sivaraman; Efferth, Thomas; Khan, Haroon
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

37. Identification of novel compounds against three targets of SARS CoV-2 coronavirus by combined virtual screening and supervised machine learning

Autoren:: Kadioglu, Onat; Saeed, Mohamed; Greten, Henry Johannes; Efferth, Thomas
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

38. A drug repurposing approach for individualized cancer therapy based on transcriptome sequencing and virtual drug screening

Autoren:: Kadioglu, Onat; Bahramimehr, Faranak; Dawood, Mona; Mahmoud, Nuha; Elbadawi, Mohamed; Lu, Xiaohua; Buelbuel, Yagmur; Schulz, Jana Agnieszka; Kraemer, Lisa; Urschel, Marie-Kathrin; Kuenzli, Zoe; Abdulrahman, Leila; Aboumaachar, Fadwa; Kadalo, Lajien; Nguyen, Le Van; Shaidaei, Sara; Thaher, Nawal; Walter, Kathrin; Besler, Karolin Christiane; Spuller, Andreas; Munder, Markus; Greten, Henry Johannes; Efferth, Thomas
Veröffentlichungsdatum:: 2023
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

39. Redundant representations in evolutionary computation

Autoren:: Rothlauf, Franz; David E. Goldberg,
Veröffentlichungsdatum:: 2003
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

40. Network random keys : a tree network representation scheme for genetic and evolutionary algorithms

Autoren:: Rothlauf, Franz; Goldberg, D; Heinzl, A
Veröffentlichungsdatum:: 2002
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

41. Individual differences in brain dynamics: important implications for the calculation of event-related band power

Autoren:: Doppelmayr, M; Klimesch, W; Pachinger, T; Ripper, B
Veröffentlichungsdatum:: 1998
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

42. Physical Exercise Intensity During Submersion Selectively Affects Executive Functions

Autoren:: Moeller, Fabian; Hoffmann, Uwe; Dalecki, Marc; Draeger, Tobias; Doppelmayr, Michael; Steinberg, Fabian
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

43. Acceptance of mHealth Apps for Self-Management Among People with Hypertension

Autoren:: Breil, Bernhard; Kremer, Lisanne; Hennemann, Severin; Apolinario-Hagen, Jennifer
Editoren:: Röhrig, Rainer; Binder, Harald; Prokosch, Hans-Ulrich; Sax, Ulrich; Schmidtmann, Irene; Stolpe, Susanne; Zapf, Antonia
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Typ:: Konferenzbeitrag

44. Locality-sensitive hashing enables efficient and scalable signal classification in high-throughput mass spectrometry raw data

Autoren:: Bob, Konstantin; Teschner, David; Kemmer, Thomas; Gomez-Zepeda, David; Tenzer, Stefan; Schmidt, Bertil; Hildebrandt, Andreas
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

45. RabbitQC: high-speed scalable quality control for sequencing data

Autoren:: Yin, Zekun; Zhang, Hao; Liu, Meiyang; Zhang, Wen; Song, Honglei; Lan, Haidong; Wei, Yanjie; Niu, Beifang; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Editoren:: Berger, Bonnie
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

46. Musket: a multistage k-mer spectrum-based error corrector for Illumina sequence data

Autoren:: Liu, Yongchao; Schroeder, Jan; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2013
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

47. Long read alignment based on maximal exact match seeds

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

48. CUSHAW: a CUDA compatible short read aligner to large genomes based on the Burrows-Wheeler transform

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

49. Acceptance of E-Mental Health Services for Different Application Purposes Among Psychotherapists in Clinical Training in Germany and Switzerland: Secondary Analysis of a Cross-Sectional Survey

Autoren:: Braun, Pia; Druge, Marie; Hennemann, Severin; Nitsch, Felix Jan; Staeck, Robert; Apolinario-Hagen, Jennifer
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

50. Efficient computation of root mean square deviations under rigid transformations

Autoren:: Hildebrandt, Anna Katharina; Dietzen, Matthias; Lengauer, Thomas; Lenhof, Hans-Peter; Althaus, Ernst; Hildebrandt, Andreas
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

51. Accelerating metagenomic read classification on CUDA-enabled GPUs

Autoren:: Kobus, Robin; Hundt, Christian; Müller, André; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

52. ParDRe: faster parallel duplicated reads removal tool for sequencing studies

Autoren:: Gonzalez-Dominguez, Jorge; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

53. High-speed Multiple Sequence Alignment on a reconfigurable platform

Autoren:: Oliver, Tim; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas; Nathan, Darran; Clemens, Ralf
Veröffentlichungsdatum:: 2006
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

54. BGSA: a bit-parallel global sequence alignment toolkit for multi-core and many-core architectures

Autoren:: Zhang, Jikai; Lan, Haidong; Chan, Yuandong; Shang, Yuan; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Editoren:: Birol, Inanc
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

55. MetaCache: context-aware classification of metagenomic reads using minhashing

Autoren:: Mueller, Andre; Hundt, Christian; Hildebrandt, Andreas; Hankeln, Thomas; Schmidt, Bertil
Editoren:: Birol, Inanc
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

56. AFS: identification and quantification of species composition by metagenomic sequencing

Autoren:: Liu, Yongchao; Ripp, Fabian; Koeppel, Rene; Schmidt, Hanno; Hellmann, Soeren Lukas; Weber, Mathias; Krombholz, Christopher Felix; Schmidt, Bertil; Hankeln, Thomas
Editoren:: Berger, Bonnie
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

57. CARE: Context-Aware Sequencing Read Error Correction

Autoren:: Kallenborn, Felix; Hildebrandt, Andreas; Schmidt, Bertil
Editoren:: Birol, Inanc
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

58. CARE 2.0: reducing false-positive sequencing error corrections using machine learning

Autoren:: Kallenborn, Felix; Cascitti, Julian; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

59. A big data approach to metagenomics for all-food-sequencing

Autoren:: Kobus, Robin; Abuin, Jose M; Mueller, Andre; Hellmann, Soeren Lukas; Pichel, Juan C; Pena, Tomas F; Hildebrandt, Andreas; Hankeln, Thomas; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

60. RainDrop: Rapid activation matrix computation for droplet-based single-cell RNA-seq reads

Autoren:: Niebler, Stefan; Mueller, Andre; Hankeln, Thomas; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

61. Parallelized short read assembly of large genomes using de Bruijn graphs

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

62. DySC : software for greedy clustering of 16S rRNA reads

Autoren:: Zheng, Zejun; Kramer, Stefan; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

63. CUDASW++ 3.0 : accelerating Smith-Waterman protein database search by coupling CPU and GPU SIMD instructions

Autoren:: Liu, Yongchao; Wirawan, Adrianto; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2013
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

64. HECTOR : a parallel multistage homopolymer spectrum based error corrector for 454 sequencing data

Autoren:: Wirawan, Adrianto; Harris, Robert S; Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil; Schröder, Jan
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

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