Publikationsart: Konferenzbeitrag / Autor: Schmidt, Bertil - Universitätsbibliographie Suchergebnisse

1. A Tunable Coarse-Grained Parallel Algorithm for Irregular Dynamic Programming Applications.

Autoren:: Liu, Weiguo; Schmidt, Bertil
Editoren:: Bougé, Luc; Prasanna, Viktor K
Veröffentlichungsdatum:: 2004
Typ:: Konferenzbeitrag

2. Protein Sequence Comparison on the Instruction Systolic Array.

Autoren:: Schmidt, Bertil; Schröder, Heiko; Schimmler, Manfred
Editoren:: Malyshkin, Victor E
Veröffentlichungsdatum:: 2001
Typ:: Konferenzbeitrag

3. Load Balancing for Hierarchical Grid Computing: A Case Study.

Autoren:: Chen, Chunxi; Schmidt, Bertil
Editoren:: Bougé, Luc; Prasanna, Viktor K
Veröffentlichungsdatum:: 2004
Typ:: Konferenzbeitrag

4. Parallel Construction of Large Suffix Trees on a PC Cluster.

Autoren:: Chen, Chunxi; Schmidt, Bertil
Editoren:: Cunha, José C; Medeiros, Pedro D
Veröffentlichungsdatum:: 2005
Typ:: Konferenzbeitrag

5. Scanning Biosequence Databases on a Hybrid Parallel Architecture.

Autoren:: Schmidt, Bertil; Schröder, Heiko; Schimmler, Manfred
Editoren:: Sakellariou, Rizos; Keane, John A; Gurd, John R; Freeman, Len
Veröffentlichungsdatum:: 2001
Typ:: Konferenzbeitrag

6. Morphological Hough Transform on the Instruction Systolic Array.

Autoren:: Schmidt, Bertil; Schimmler, Manfred; Schröder, Heiko
Editoren:: Lengauer, Christian; Griebl, Martin; Gorlatch, Sergei
Veröffentlichungsdatum:: 1997
Typ:: Konferenzbeitrag

7. Topic Introduction.

Autoren:: Ahmad, Ishfaq; Jonker, Pieter; Schmidt, Bertil; Uhl, Andreas
Editoren:: Kosch, Harald; Böszörményi, László; Hellwagner, Hermann
Veröffentlichungsdatum:: 2003
Typ:: Konferenzbeitrag

8. GEM: an elastic and translation-invariant similarity measure with automatic trend adjustment.

Autoren:: Hundt, Christian; Schmidt, Bertil; Schömer, Elmar; Göttler, Herbert; Dang, Hoang-Vu
Editoren:: Cho, Yookun; Shin, Sung Y; Kim, Sang-Wook; Hung, Chih-Cheng; Hong, Jiman
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Konferenzbeitrag

9. Workshop on Using Emerging Parallel Architectures for Computational Science.

Autoren:: Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L
Editoren:: Allen, Gabrielle; Nabrzyski, Jaroslaw; Seidel, Edward; Albada, G Dick van; Dongarra, Jack J; Sloot, Peter MA
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Typ:: Konferenzbeitrag

10. An Area-Efficient Bit-Serial Integer Multiplier.

Autoren:: Schimmler, Manfred; Schmidt, Bertil; Lang, Hans-Werner; Heithecker, Sven
Editoren:: Arabnia, Hamid R; Yang, Laurence Tianruo
Veröffentlichungsdatum:: 2003
Typ:: Konferenzbeitrag

11. Design of a Bit-Serial Floating Point Unit for a Fine Grained Parallel Processor Array.

Autoren:: Schimmler, Manfred; Schmidt, Bertil; Lang, Hans-Werner
Editoren:: Arabnia, Hamid R; Mun, Youngsong
Veröffentlichungsdatum:: 2003
Typ:: Konferenzbeitrag

12. Second Workshop on using Emerging Parallel Architectures

Autoren:: Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas
Editoren:: Sloot, Peter MA; Albada, G Dick van; Dongarra, Jack J
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Typ:: Konferenzbeitrag

13. Fourth Workshop on using Emerging Parallel Architectures

Autoren:: Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas
Editoren:: Ali, Hesham H; Shi, Yong; Khazanchi, Deepak; Lees, Michael; Albada, G Dick van; Dongarra, Jack J; Sloot, Peter MA
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Typ:: Konferenzbeitrag

14. Pairwise Distance Matrix Computation for Multiple Sequence Alignment on the Cell Broadband Engine

Autoren:: Wirawan, Adrianto; Schmidt, Bertil; Kwoh, Chee Keong
Editoren:: Allen, Gabrielle; Nabrzyski, Jaroslaw; Seidel, Edward; Albada, G Dick van; Dongarra, Jack J; Sloot, Peter MA
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Typ:: Konferenzbeitrag

15. Hybrid CPU/GPU Acceleration of Detection of 2-SNP Epistatic Interactions in GWAS

Autoren:: González-Domínguez, Jorge; Schmidt, Bertil; Kässens, Jan Christian; Wienbrandt, Lars
Editoren:: Silva, Fernando MA; Dutra, Inês de Castro; Costa, Vítor Santos
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Konferenzbeitrag

16. Accelerating BLASTP on the Cell Broadband Engine

Autoren:: Zhang, Huiliang; Schmidt, Bertil; Müller-Wittig, Wolfgang
Editoren:: Chetty, Madhu; Ngom, Alioune; Ahmad, Shandar
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Typ:: Konferenzbeitrag

17. A Reconfigurable Bloom Filter Architecture for BLASTN

Autoren:: Chen, Yupeng; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L
Editoren:: Berekovic, Mladen; Müller-Schloer, Christian; Hochberger, Christian; Wong, Stephan
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Typ:: Konferenzbeitrag

18. Iterative Sparse Matrix-Vector Multiplication for Integer Factorization on GPUs

Autoren:: Schmidt, Bertil; Aribowo, Hans; Dang, Hoang-Vu
Editoren:: Jeannot, Emmanuel; Namyst, Raymond; Roman, Jean
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Konferenzbeitrag

19. Fast dendrogram-based OTU clustering using sequence embedding

Autoren:: Nguyen, Thuy-Diem; Schmidt, Bertil; Kwoh, Chee-Keong
Editoren:: Baldi, Pierre; Wang, Wei
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Konferenzbeitrag

20. CRiSPy-CUDA: Computing Species Richness in 16S rRNA Pyrosequencing Datasets with CUDA

Autoren:: Zheng, Zejun; Nguyen, Thuy-Diem; Schmidt, Bertil
Editoren:: Loog, Marco; Wessels, Lodewyk FA; Reinders, Marcel JT; Ridder, Dick de
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Konferenzbeitrag

21. Accelerating short read mapping on an FPGA (abstract only)

Autoren:: Chen, Yupeng; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas Leslie
Editoren:: Compton, Katherine; Hutchings, Brad L
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Typ:: Konferenzbeitrag

22. C-Based Design Methodology for FPGA Implementation of ClustalW MSA

Autoren:: Aung, Yan Lin; Maskell, Douglas L; Oliver, Timothy F; Schmidt, Bertil; Bong, William
Editoren:: Rajapakse, Jagath C; Schmidt, Bertil; Volkert, L Gwenn
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Konferenzbeitrag

23. Hyper customized processors for bio-sequence database scanning on FPGAs

Autoren:: Oliver, Tim; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas
Editoren:: Schmit, Herman; Wilton, Steven JE
Veröffentlichungsdatum:: 2005
Typ:: Konferenzbeitrag

24. GPU-MEME: Using Graphics Hardware to Accelerate Motif Finding in DNA Sequences

Autoren:: Chen, Chen; Schmidt, Bertil; Weiguo, Liu; Müller-Wittig, Wolfgang
Editoren:: Chetty, Madhu; Ngom, Alioune; Ahmad, Shandar
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Typ:: Konferenzbeitrag

25. SPECTR

Autoren:: Xu, Kai; Kobus, Robin; Chan, Yuandong; Gao, Ping; Meng, Xiangxu; Wei, Yanjie; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Veröffentlichungsdatum:: 2018
Typ:: Konferenzbeitrag

26. UPC++ for bioinformatics: A case study using genome-wide association studies

Autoren:: Kassens, Jan C; Gonzalez-Dominguez, Jorge; Wienbrandt, Lars; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Konferenzbeitrag

27. A reconfigurable architecture for scanning biosequence databases.

Autoren:: Oliver, Timothy F; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L; Vinod, Achutavarrier Prasad
Veröffentlichungsdatum:: 2005
Typ:: Konferenzbeitrag

28. An Ultrafast Scalable Many-Core Motif Discovery Algorithm for Multiple GPUs

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Konferenzbeitrag

29. SWAPHI: Smith-waterman protein database search on Xeon Phi coprocessors

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Konferenzbeitrag

30. An FPGA aligner for short read mapping

Autoren:: Chen, Yupeng; Schmidt, Bertil; Maksell, Douglas L
Editoren:: Koch, Dirk; Singh, Satnam; Tørresen, Jim
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Typ:: Konferenzbeitrag

31. Performance Predictions for General-Purpose Computation on GPUs

Autoren:: Liu, Weiguo; Muller-Wittig, Wolfgang; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Konferenzbeitrag

32. Mapping of BLASTP Algorithm onto GPU Clusters

Autoren:: Liu, Weiguo; Schmidt, Bertil; Liu, Yongchao; Voss, Gerrit; Mueller-Wittig, Wolfgang
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Konferenzbeitrag

33. Evaluation of GPU-based Seed Generation for Computational Genomics Using Burrows-Wheeler Transform

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Typ:: Konferenzbeitrag

34. High Performance Database Searching with HMMer on FPGAs

Autoren:: Oliver, Tim; Yeow, Leow Yuan; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Konferenzbeitrag

35. Fast Schedulability Analysis Using Commodity Graphics Hardware

Autoren:: Feng, Jimin; Chakraborty, Samarjit; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo; Bordoloi, Unmesh D
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Konferenzbeitrag

36. The Sliced COO Format for Sparse Matrix-Vector Multiplication on CUDA-enabled GPUs

Autoren:: Dang, Hoang-Vu; Schmidt, Bertil
Editoren:: Ali, Hesham H; Shi, Yong; Khazanchi, Deepak; Lees, Michael; Albada, G Dick van; Dongarra, Jack J; Sloot, Peter MA
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Typ:: Konferenzbeitrag

37. Preattentive Colour Features by Steerable Filters.

Autoren:: Mahlmeister, Udo; Schmidt, Bertil; Sommer, Gerald
Editoren:: Sagerer, Gerhard; Posch, Stefan; Kummert, Franz
Veröffentlichungsdatum:: 1995
Typ:: Konferenzbeitrag

38. Bit-Parallel Approximate Pattern Matching on the Xeon Phi Coprocessor

Autoren:: Tran, Tuan Tu; Schindel, Simon; Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Konferenzbeitrag

39. Quality-score guided error correction for short-read sequencing data using CUDA

Autoren:: Shi, Haixiang; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo; Müller-Wittig, Wolfgang
Editoren:: Sloot, Peter MA; Albada, G Dick van; Dongarra, Jack J
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Typ:: Konferenzbeitrag

40. SNVSniffer: An integrated caller for germline and somatic SNVs based on Bayesian models

Autoren:: Liu, Yongchao; Loewer, Martin; Aluru, Srinivas; Schmidt, Bertil
Editoren:: Huan, Jun; Miyano, Satoru; Shehu, Amarda; Hu, Xiaohua Tony; Ma, Bin; Rajasekaran, Sanguthevar; Gombar, Vijay K; Schapranow, Matthieu-P; Yoo, Illhoi; Zhou, Jiayu; Chen, Brian; Pai, Vinay; Pierce, Brian G
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Konferenzbeitrag

41. RabbitQCPlus: More Efficient Quality Control for Sequencing Data

Autoren:: Yan, Lifeng; Yin, Zekun; Zhang, Hao; Zhao, Zhan; Wang, Mingkai; Muller, Andre; Kobus, Robin; Wei, Yanjie; Niu, Beifang; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Editoren:: Adjeroh, Donald A; Long, Qi; Shi, Xinghua Mindy; Guo, Fei; Hu, Xiaohua; Aluru, Srinivas; Narasimhan, Giri; Wang, Jianxin; Kang, Mingon; Mondal, Ananda; Liu, Jin
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Konferenzbeitrag

42. SWMapper: Scalable Read Mapper on SunWay TaihuLight

Autoren:: Xu, Kai; Duan, Xiaohui; Meng, Xiangxu; Li, Xin; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Editoren:: Amaral, José Nelson; John, Lizy Kurian; Shen, Xipeng
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Typ:: Konferenzbeitrag

43. SAUCE: A Web-Based Automated Assessment Tool for Teaching Parallel Programming

Autoren:: Schlarb, Moritz; Hundt, Christian; Schmidt, Bertil
Editoren:: Hunold, Sascha; Costan, Alexandru; Giménez, Domingo; Iosup, Alexandru; Ricci, Laura; Requena, María Engracia Gómez; Scarano, Vittorio; Varbanescu, Ana Lucia; Scott, Stephen L; Lankes, Stefan; Weidendorfer, Josef; Alexander, Michael
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Konferenzbeitrag

44. Combining GPU and FPGA Technology for Efficient Exhaustive Interaction Analysis in GWAS

Autoren:: Kaessens, Jan Christian; Wienbrandt, Lars; Schimmler, Manfred; Gonzalez-Dominguez, Jorge; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Konferenzbeitrag

45. Massively Parallel ANS Decoding on GPUs

Autoren:: Weissenberger, Andre; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Typ:: Konferenzbeitrag

46. mD3DOCKxb: An Ultra-Scalable CPU-MIC Coordinated Virtual Screening Framework

Autoren:: Peng, Shaoliang; Zhang, Xiaoyu; Yang, Shunyun; Su, Wenhe; Zhang, Zhiqiang; Dong, Dong; Lu, Kai; Lu, Yutong; Liao, Xiangke; Schmidt, Bertil; Zhu, Weiliang; Li, Kuan-Ching
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Konferenzbeitrag

47. SWhybrid: A Hybrid-Parallel Framework for Large-Scale Protein Sequence Database Search

Autoren:: Lan, Haidong; Liu, Weiguo; Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Konferenzbeitrag

48. S-Aligner: Ultrascalable read mapping on Sunway Taihu Light

Autoren:: Duan, Xiaohui; Xu, Kai; Chan, Yuandong; Liu, Weiguo; Hundt, Christian; Schmidt, Bertil; Balaji, Pavan
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Konferenzbeitrag

49. Accelerating JPEG Decompression on GPUs

Autoren:: Weissenberger, Andre; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Typ:: Konferenzbeitrag

50. Cell-List based Molecular Dynamics on Many-Core Processors: A Case Study on Sunway TaihuLight Supercomputer

Autoren:: Duan, Xiaohui; Gao, Ping; Zhang, Meng; Zhang, Tingjian; Meng, Hongsong; Li, Yuxuan; Schmidt, Bertil; Fu, Haohuan; Gan, Lin; Xue, Wei; Liu, Weiguo; Yang, Guangwen
Editoren:: Cuicchi, Christine; Qualters, Irene; Kramer, William T
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Typ:: Konferenzbeitrag

51. Accelerating Large-Scale Biological Database Search on Xeon Phi-based Neo-Heterogeneous Architectures

Autoren:: Lan, Haidong; Liu, Weiguo; Schmidt, Bertil; Wang, Bingqiang
Editoren:: Huan, Jun; Miyano, Satoru; Shehu, Amarda; Hu, Xiaohua Tony; Ma, Bin; Rajasekaran, Sanguthevar; Gombar, Vijay K; Schapranow, Matthieu-P; Yoo, Illhoi; Zhou, Jiayu; Chen, Brian; Pai, Vinay; Pierce, Brian G
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Konferenzbeitrag

52. Accelerating the Viterbi algorithm for Profile Hidden Markov Models using reconfigurable hardware

Autoren:: Oliver, Timothy F; Schmidt, Bertil; Jakop, Yanto; Maskell, Douglas L
Editoren:: Alexandrov, Vassil N; Albada, G Dick van; Sloot, Peter MA; Dongarra, Jack J
Veröffentlichungsdatum:: 2006
Typ:: Konferenzbeitrag

53. Multi-objective evolutionary algorithm for discovering peptide binding motifs

Autoren:: Rajapakse, Menaka; Schmidt, Bertil; Brusic, Vladimir
Editoren:: Rothlauf, Franz; Branke, Jürgen; Cagnoni, Stefano; Costa, Ernesto; Cotta, Carlos; Drechsler, Rolf; Lutton, Evelyne; Machado, Penousal; Moore, Jason H; Romero, Juan; Smith, George D; Squillero, Giovanni; Takagi, Hideyuki
Veröffentlichungsdatum:: 2006
Typ:: Konferenzbeitrag

54. Faster GPU-Accelerated Smith-Waterman Algorithm with Alignment Backtracking for Short DNA Sequences

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Editoren:: Wyrzykowski, Roman; Dongarra, Jack J; Karczewski, Konrad; Wasniewski, Jerzy
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Konferenzbeitrag

55. CUDA-Accelerated Alignment of Subsequences in Streamed Time Series Data

Autoren:: Hundt, Christian; Schmidt, Bertil; Schoemer, Elmar
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Konferenzbeitrag

56. FPGA-based acceleration of detecting statistical epistasis in GWAS

Autoren:: Wienbrandt, Lars; Kaessens, Jan Christian; Gonzalez-Dominguez, Jorge; Schmidt, Bertil; Ellinghaus, David; Sehimmler, Manfred
Editoren:: Abramson, David; Lees, Michael; Krzhizhanovskaya, Valeria V; Dongarra, Jack J; Sloot, Peter MA
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Konferenzbeitrag

57. XLCS: A New Bit-Parallel Longest Common Subsequence Algorithm on Xeon Phi Clusters.

Autoren:: Yin, Zekun; Zhang, Hao; Xu, Kai; Chan, Yuandong; Peng, Shaoliang; Wang, Xiaoning; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Editoren:: Xiao, Zheng; Yang, Laurence T; Balaji, Pavan; Li, Tao; Li, Keqin; Zomaya, Albert Y
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Typ:: Konferenzbeitrag

58. Online Event Selection for Mu3e using GPUs.

Autoren:: Henkys, Valentin; Schmidt, Bertil; Berger, Niklaus
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Konferenzbeitrag

59. AnySeq/GPU: a novel approach for faster sequence alignment on GPUs.

Autoren:: Müller, André; Schmidt, Bertil; Membarth, Richard; Leißa, Roland; Hack, Sebastian
Editoren:: Rauchwerger, Lawrence; Cameron, Kirk W; Nikolopoulos, Dimitrios S; Pnevmatikatos, Dionisios N
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Konferenzbeitrag

60. Third Workshop on using Emerging Parallel Architectures

Autoren:: Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas
Editoren:: Sato, Mitsuhisa; Matsuoka, Satoshi; Sloot, Peter MA; Albada, G Dick van; Dongarra, Jack J
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Konferenzbeitrag

61. cuDTW plus plus : Ultra-Fast Dynamic Time Warping on CUDA-Enabled GPUs

Autoren:: Schmidt, Bertil; Hundt, Christian
Editoren:: Malawski, Maciej; Rzadca, Krzysztof
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Typ:: Konferenzbeitrag

62. SparseHC: a memory-efficient online hierarchical clustering algorithm

Autoren:: Thuy-Diem, Nguyen; Schmidt, Bertil; Kwoh, Chee-Keong
Editoren:: Abramson, David; Lees, Michael; Krzhizhanovskaya, Valeria V; Dongarra, Jack J; Sloot, Peter MA
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Konferenzbeitrag

63. Online Event Selection for Mu3e using GPUs

Autoren:: Henkys, Valentin; Schmidt, Bertil; Berger, Niklaus
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Konferenzbeitrag

64. Massively Parallel Huffman Decoding on GPUs

Autoren:: Weissenberger, Andre; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2018
Typ:: Konferenzbeitrag

65. Parallel DNA Sequence Alignment on the Cell Broadband Engine

Autoren:: Wirawan, Adrianto; Keong, Kwoh Chee; Schmidt, Bertil
Editoren:: Wyrzykowski, Roman; Dongarra, Jack J; Karczewski, Konrad; Wasniewski, Jerzy
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Konferenzbeitrag

66. A Parallel BSP Algorithm for Irregular Dynamic Programming

Autoren:: Low, Malcolm Yoke Hean; Liu, Weiguo; Schmidt, Bertil
Editoren:: Xu, Ming; Zhan, Yinwei; Cao, Jiannong; Liu, Yijun
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Konferenzbeitrag

67. Molecular Dynamics Simulations on Commodity GPUs with CUDA

Autoren:: Liu, Weiguo; Schmidt, Bertil; Voss, Gerrit; Müller-Wittig, Wolfgang
Editoren:: Aluru, Srinivas; Parashar, Manish; Badrinath, Ramamurthy; Prasanna, Viktor K
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Konferenzbeitrag

68. LightSpMV: Faster CSR-based Sparse Matrix-Vector Multiplication on CUDA-enabled GPUs

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Konferenzbeitrag

69. WarpCore: A Library for fast Hash Tables on GPUs

Autoren:: Juenger, Daniel; Kobus, Robin; Mueller, Andre; Hundt, Christian; Xu, Kai; Liu, Weiguo; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Typ:: Konferenzbeitrag

70. RNACache: Fast Mapping of RNA-Seq Reads to Transcriptomes Using MinHashing

Autoren:: Cascitti, Julian; Niebler, Stefan; Müller, André; Schmidt, Bertil
Editoren:: Paszynski, Maciej; Kranzlmüller, Dieter; Krzhizhanovskaya, Valeria V; Dongarra, Jack J; Sloot, Peter MA
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Typ:: Konferenzbeitrag

71. Suffix Array Construction on Multi-GPU Systems

Autoren:: Bueren, Florian; Juenger, Daniel; Kobus, Robin; Hundt, Christian; Schmidt, Bertil
Editoren:: Weissman, Jon B; Butt, Ali Raza; Smirni, Evgenia
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Typ:: Konferenzbeitrag

72. Gossip: Efficient Communication Primitives for Multi-GPU Systems

Autoren:: Kobus, Robin; Juenger, Daniel; Hundt, Christian; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Typ:: Konferenzbeitrag

73. MetaCache-GPU: Ultra-Fast Metagenomic Classification

Autoren:: Kobus, Robin; Mueller, Andre; Juenger, Daniel; Hundt, Christian; Schmidt, Bertil
Editoren:: Sun, Xian-He; Shende, Sameer; Kalé, Laxmikant V; Chen, Yong
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Typ:: Konferenzbeitrag

74. Parallelized clustering of protein structures on cuda-enabled gpus

Autoren:: Hoang-Vu, Dang; Schmidt, Bertil; Hildebrand, Andreas; Hildebrandt, Anna Katharina
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Konferenzbeitrag

75. cuBool: bit-parallel Boolean Matrix Factorization on CUDA-enabled accelerators

Autoren:: Kobus, Robin; Lamoth, Adrian; Müller, André; Hundt, Christian; Kramer, Stefan; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2018
Typ:: Konferenzbeitrag

76. SPECTR: Scalable Parallel Short Read Error Correction on Multi-core and Many-core Architectures

Autoren:: Xu, Kai; Kobus, Robin; Chan, Yuandong; Gao, Ping; Meng, Xiangxu; Wei, Yanjie; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Veröffentlichungsdatum:: 2018
Typ:: Konferenzbeitrag

77. Parallel Discovery of Transcription Factor Binding Sites.

Autoren:: Wirawan, Adrianto; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2006
Typ:: Konferenzbeitrag

78. SWAPHI-LS: Smith-Waterman Algorithm on Xeon Phi Coprocessors for Long DNA Sequences

Autoren:: Liu, Yongchao; Tran, Tuan-Tu; Lauenroth, Felix; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Konferenzbeitrag

79. Biological Sequence Analysis with Hidden Markov Models on an FPGA.

Autoren:: Yanto, Jacop; Oliver, Timothy F; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L
Editoren:: Srikanthan, Thambipillai; Xue, Jingling; Chang, Chip-Hong
Veröffentlichungsdatum:: 2005
Typ:: Konferenzbeitrag

80. PUNAS: A Parallel Ungapped-Alignment-Featured Seed Verification Algorithm for Next-Generation Sequencing Read Alignment

Autoren:: Chan, Yuandong; Xu, Kai; Lan, Haidong; Liu, Weiguo; Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Konferenzbeitrag

81. Efficient Parallel Sort on AVX-512-Based Multi-Core and Many-Core Architectures

Autoren:: Yin, Zekun; Zhang, Tianyu; Muller, Andre; Liu, Hui; Wei, Yanjie; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Editoren:: Xiao, Zheng; Yang, Laurence T; Balaji, Pavan; Li, Tao; Li, Keqin; Zomaya, Albert Y
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Typ:: Konferenzbeitrag

82. Prediction of low coverage prone regions for Illumina sequencing projects using a support vector machine

Autoren:: Zheng, Zejun; Schmidt, Bertil; Bourque, Guillaume
Editoren:: Park, Taesung; Tsui, Stephen Kwok-Wing; Chen, Luonan; Ng, Michael K; Wong, Limsoon; Hu, Xiaohua
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Typ:: Konferenzbeitrag

83. Neighbor-list-free Molecular Dynamics on Sunway TaihuLight Supercomputer

Autoren:: Duan, Xiaohui; Gao, Ping; Zhang, Meng; Zhang, Tingjian; Meng, Hongsong; Li, Yuxuan; Schmidt, Bertil; Fu, Haohuan; Gan, Lin; Xue, Wei; Yang, Guangwen; Liu, Weiguo
Editoren:: Gupta, Rajiv; Shen, Xipeng
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Typ:: Konferenzbeitrag

84. AnySeq: A High Performance Sequence Alignment Library based on Partial Evaluation.

Autoren:: Müller, André; Schmidt, Bertil; Hildebrandt, Andreas; Membarth, Richard; Leißa, Roland; Kruse, Matthis; Hack, Sebastian
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Typ:: Konferenzbeitrag

85. GPU-ClustalW: Using Graphics Hardware to Accelerate Multiple Sequence Alignment

Autoren:: Liu, Weiguo; Schmidt, Bertil; Voss, Gerrit; Müller-Wittig, Wolfgang
Editoren:: Robert, Yves; Parashar, Manish; Badrinath, Ramamurthy; Prasanna, Viktor K
Veröffentlichungsdatum:: 2006
Typ:: Konferenzbeitrag

86. WarpDrive: Massively Parallel Hashing on Multi-GPU Nodes

Autoren:: Juenger, Daniel; Hundt, Christian; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2018
Typ:: Konferenzbeitrag

87. Ultra-Fast Detection of Higher-Order Epistatic Interactions on GPUs

Autoren:: Junger, Daniel; Hundt, Christian; Gonzalez-Dominguez, Jorge; Schmidt, Bertil
Editoren:: Desprez, Frédéric; Dutot, Pierre-François; Kaklamanis, Christos; Marchal, Loris; Molitorisz, Korbinian; Ricci, Laura; Scarano, Vittorio; Vega-Rodríguez, Miguel A; Varbanescu, Ana Lucia; Hunold, Sascha; Scott, Stephen L; Lankes, Stefan; Weidendorfer, Josef
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Konferenzbeitrag

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