Autor: Schmidt, Bertil / Datenquelle: DBLP - Universitätsbibliographie Suchergebnisse

1. SAUCE: A web application for interactive teaching and learning of parallel programming

Autoren:: Hundt, Christian; Schlarb, Moritz; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

2. A Tunable Coarse-Grained Parallel Algorithm for Irregular Dynamic Programming Applications.

Autoren:: Liu, Weiguo; Schmidt, Bertil
Editoren:: Bougé, Luc; Prasanna, Viktor K
Veröffentlichungsdatum:: 2004
Typ:: Konferenzbeitrag

3. Protein Sequence Comparison on the Instruction Systolic Array.

Autoren:: Schmidt, Bertil; Schröder, Heiko; Schimmler, Manfred
Editoren:: Malyshkin, Victor E
Veröffentlichungsdatum:: 2001
Typ:: Konferenzbeitrag

4. Load Balancing for Hierarchical Grid Computing: A Case Study.

Autoren:: Chen, Chunxi; Schmidt, Bertil
Editoren:: Bougé, Luc; Prasanna, Viktor K
Veröffentlichungsdatum:: 2004
Typ:: Konferenzbeitrag

5. Parallel Construction of Large Suffix Trees on a PC Cluster.

Autoren:: Chen, Chunxi; Schmidt, Bertil
Editoren:: Cunha, José C; Medeiros, Pedro D
Veröffentlichungsdatum:: 2005
Typ:: Konferenzbeitrag

6. Scanning Biosequence Databases on a Hybrid Parallel Architecture.

Autoren:: Schmidt, Bertil; Schröder, Heiko; Schimmler, Manfred
Editoren:: Sakellariou, Rizos; Keane, John A; Gurd, John R; Freeman, Len
Veröffentlichungsdatum:: 2001
Typ:: Konferenzbeitrag

7. $ν$-net: Deep Learning for Generalized Biventricular Cardiac Mass and Function Parameters.

Autoren:: Winther, Hinrich B; Hundt, Christian; Schmidt, Bertil; Czerner, Christoph; Bauersachs, Johann; Wacker, Frank K; Vogel-Claussen, Jens
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

8. Morphological Hough Transform on the Instruction Systolic Array.

Autoren:: Schmidt, Bertil; Schimmler, Manfred; Schröder, Heiko
Editoren:: Lengauer, Christian; Griebl, Martin; Gorlatch, Sergei
Veröffentlichungsdatum:: 1997
Typ:: Konferenzbeitrag

9. Topic Introduction.

Autoren:: Ahmad, Ishfaq; Jonker, Pieter; Schmidt, Bertil; Uhl, Andreas
Editoren:: Kosch, Harald; Böszörményi, László; Hellwagner, Hermann
Veröffentlichungsdatum:: 2003
Typ:: Konferenzbeitrag

10. GEM: an elastic and translation-invariant similarity measure with automatic trend adjustment.

Autoren:: Hundt, Christian; Schmidt, Bertil; Schömer, Elmar; Göttler, Herbert; Dang, Hoang-Vu
Editoren:: Cho, Yookun; Shin, Sung Y; Kim, Sang-Wook; Hung, Chih-Cheng; Hong, Jiman
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Konferenzbeitrag

11. Workshop on Using Emerging Parallel Architectures for Computational Science.

Autoren:: Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L
Editoren:: Allen, Gabrielle; Nabrzyski, Jaroslaw; Seidel, Edward; Albada, G Dick van; Dongarra, Jack J; Sloot, Peter MA
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Typ:: Konferenzbeitrag

12. An Area-Efficient Bit-Serial Integer Multiplier.

Autoren:: Schimmler, Manfred; Schmidt, Bertil; Lang, Hans-Werner; Heithecker, Sven
Editoren:: Arabnia, Hamid R; Yang, Laurence Tianruo
Veröffentlichungsdatum:: 2003
Typ:: Konferenzbeitrag

13. Design of a Bit-Serial Floating Point Unit for a Fine Grained Parallel Processor Array.

Autoren:: Schimmler, Manfred; Schmidt, Bertil; Lang, Hans-Werner
Editoren:: Arabnia, Hamid R; Mun, Youngsong
Veröffentlichungsdatum:: 2003
Typ:: Konferenzbeitrag

14. Second Workshop on using Emerging Parallel Architectures

Autoren:: Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas
Editoren:: Sloot, Peter MA; Albada, G Dick van; Dongarra, Jack J
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Typ:: Konferenzbeitrag

15. A bit-serial floating-point unit for a massively parallel system on a chip

Autoren:: Schimmler *, Manfred; Schmidt, Bertil; Lang ‡, Hans-Werner
Veröffentlichungsdatum:: 2004
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

16. Fourth Workshop on using Emerging Parallel Architectures

Autoren:: Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas
Editoren:: Ali, Hesham H; Shi, Yong; Khazanchi, Deepak; Lees, Michael; Albada, G Dick van; Dongarra, Jack J; Sloot, Peter MA
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Typ:: Konferenzbeitrag

17. A survey of desktop grid applications for e-science

Autoren:: Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

18. Pairwise Distance Matrix Computation for Multiple Sequence Alignment on the Cell Broadband Engine

Autoren:: Wirawan, Adrianto; Schmidt, Bertil; Kwoh, Chee Keong
Editoren:: Allen, Gabrielle; Nabrzyski, Jaroslaw; Seidel, Edward; Albada, G Dick van; Dongarra, Jack J; Sloot, Peter MA
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Typ:: Konferenzbeitrag

19. Hybrid CPU/GPU Acceleration of Detection of 2-SNP Epistatic Interactions in GWAS

Autoren:: González-Domínguez, Jorge; Schmidt, Bertil; Kässens, Jan Christian; Wienbrandt, Lars
Editoren:: Silva, Fernando MA; Dutra, Inês de Castro; Costa, Vítor Santos
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Konferenzbeitrag

20. Accelerating BLASTP on the Cell Broadband Engine

Autoren:: Zhang, Huiliang; Schmidt, Bertil; Müller-Wittig, Wolfgang
Editoren:: Chetty, Madhu; Ngom, Alioune; Ahmad, Shandar
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Typ:: Konferenzbeitrag

21. A Reconfigurable Bloom Filter Architecture for BLASTN

Autoren:: Chen, Yupeng; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L
Editoren:: Berekovic, Mladen; Müller-Schloer, Christian; Hochberger, Christian; Wong, Stephan
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Typ:: Konferenzbeitrag

22. Iterative Sparse Matrix-Vector Multiplication for Integer Factorization on GPUs

Autoren:: Schmidt, Bertil; Aribowo, Hans; Dang, Hoang-Vu
Editoren:: Jeannot, Emmanuel; Namyst, Raymond; Roman, Jean
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Konferenzbeitrag

23. Fast dendrogram-based OTU clustering using sequence embedding

Autoren:: Nguyen, Thuy-Diem; Schmidt, Bertil; Kwoh, Chee-Keong
Editoren:: Baldi, Pierre; Wang, Wei
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Konferenzbeitrag

24. CRiSPy-CUDA: Computing Species Richness in 16S rRNA Pyrosequencing Datasets with CUDA

Autoren:: Zheng, Zejun; Nguyen, Thuy-Diem; Schmidt, Bertil
Editoren:: Loog, Marco; Wessels, Lodewyk FA; Reinders, Marcel JT; Ridder, Dick de
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Konferenzbeitrag

25. Accelerating short read mapping on an FPGA (abstract only)

Autoren:: Chen, Yupeng; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas Leslie
Editoren:: Compton, Katherine; Hutchings, Brad L
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Typ:: Konferenzbeitrag

26. C-Based Design Methodology for FPGA Implementation of ClustalW MSA

Autoren:: Aung, Yan Lin; Maskell, Douglas L; Oliver, Timothy F; Schmidt, Bertil; Bong, William
Editoren:: Rajapakse, Jagath C; Schmidt, Bertil; Volkert, L Gwenn
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Konferenzbeitrag

27. Hyper customized processors for bio-sequence database scanning on FPGAs

Autoren:: Oliver, Tim; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas
Editoren:: Schmit, Herman; Wilton, Steven JE
Veröffentlichungsdatum:: 2005
Typ:: Konferenzbeitrag

28. GPU-MEME: Using Graphics Hardware to Accelerate Motif Finding in DNA Sequences

Autoren:: Chen, Chen; Schmidt, Bertil; Weiguo, Liu; Müller-Wittig, Wolfgang
Editoren:: Chetty, Madhu; Ngom, Alioune; Ahmad, Shandar
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Typ:: Konferenzbeitrag

29. UPC++ for bioinformatics: A case study using genome-wide association studies

Autoren:: Kassens, Jan C; Gonzalez-Dominguez, Jorge; Wienbrandt, Lars; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Konferenzbeitrag

30. A reconfigurable architecture for scanning biosequence databases.

Autoren:: Oliver, Timothy F; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L; Vinod, Achutavarrier Prasad
Veröffentlichungsdatum:: 2005
Typ:: Konferenzbeitrag

31. An Ultrafast Scalable Many-Core Motif Discovery Algorithm for Multiple GPUs

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Konferenzbeitrag

32. Accelerating bioinformatics applications via emerging parallel computing systems [Guest editorial]

Autoren:: Gomez-Pulido, Juan A; Schmidt, Bertil; Feng, Wu-chun
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

33. SWAPHI: Smith-waterman protein database search on Xeon Phi coprocessors

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Konferenzbeitrag

34. An FPGA aligner for short read mapping

Autoren:: Chen, Yupeng; Schmidt, Bertil; Maksell, Douglas L
Editoren:: Koch, Dirk; Singh, Satnam; Tørresen, Jim
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Typ:: Konferenzbeitrag

35. Performance Predictions for General-Purpose Computation on GPUs

Autoren:: Liu, Weiguo; Muller-Wittig, Wolfgang; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Konferenzbeitrag

36. Mapping of BLASTP Algorithm onto GPU Clusters

Autoren:: Liu, Weiguo; Schmidt, Bertil; Liu, Yongchao; Voss, Gerrit; Mueller-Wittig, Wolfgang
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Konferenzbeitrag

37. Evaluation of GPU-based Seed Generation for Computational Genomics Using Burrows-Wheeler Transform

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Typ:: Konferenzbeitrag

38. High Performance Database Searching with HMMer on FPGAs

Autoren:: Oliver, Tim; Yeow, Leow Yuan; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Konferenzbeitrag

39. A Hybrid Architecture for Multimedia Processors.

Autoren:: Schmidt, Bertil; Schröder, Heiko
Veröffentlichungsdatum:: 2001
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

40. Tomographic Image Reconstruction on the Instruction Systolic Array.

Autoren:: Schmidt, Bertil; Schröder, Heiko; Schimmler, Manfred
Veröffentlichungsdatum:: 2001
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

41. Comparative phyloinformatics of virus genes at micro and macro levels in a distributed computing environment

Autoren:: Singh, Dadabhai T; Trehan, Rahul; Schmidt, Bertil; Bretschneider, Timo
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

42. Fast Schedulability Analysis Using Commodity Graphics Hardware

Autoren:: Feng, Jimin; Chakraborty, Samarjit; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo; Bordoloi, Unmesh D
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Konferenzbeitrag

43. The Sliced COO Format for Sparse Matrix-Vector Multiplication on CUDA-enabled GPUs

Autoren:: Dang, Hoang-Vu; Schmidt, Bertil
Editoren:: Ali, Hesham H; Shi, Yong; Khazanchi, Deepak; Lees, Michael; Albada, G Dick van; Dongarra, Jack J; Sloot, Peter MA
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Typ:: Konferenzbeitrag

44. High performance protein sequence database scanning on the Cell Broadband Engine.

Autoren:: Wirawan, Adrianto; Schmidt, Bertil; Zhang, Huiliang; Kwoh, Chee Keong
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

45. Solving the Bottleneck Problem in Bioinformatics Computing: An Architectural Perspective

Autoren:: Lin, Feng; Schröder, Heiko; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

46. Preattentive Colour Features by Steerable Filters.

Autoren:: Mahlmeister, Udo; Schmidt, Bertil; Sommer, Gerald
Editoren:: Sagerer, Gerhard; Posch, Stefan; Kummert, Franz
Veröffentlichungsdatum:: 1995
Typ:: Konferenzbeitrag

47. Bit-Parallel Approximate Pattern Matching on the Xeon Phi Coprocessor

Autoren:: Tran, Tuan Tu; Schindel, Simon; Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Konferenzbeitrag

48. Quality-score guided error correction for short-read sequencing data using CUDA

Autoren:: Shi, Haixiang; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo; Müller-Wittig, Wolfgang
Editoren:: Sloot, Peter MA; Albada, G Dick van; Dongarra, Jack J
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Typ:: Konferenzbeitrag

49. SNVSniffer: An integrated caller for germline and somatic SNVs based on Bayesian models

Autoren:: Liu, Yongchao; Loewer, Martin; Aluru, Srinivas; Schmidt, Bertil
Editoren:: Huan, Jun; Miyano, Satoru; Shehu, Amarda; Hu, Xiaohua Tony; Ma, Bin; Rajasekaran, Sanguthevar; Gombar, Vijay K; Schapranow, Matthieu-P; Yoo, Illhoi; Zhou, Jiayu; Chen, Brian; Pai, Vinay; Pierce, Brian G
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Konferenzbeitrag

50. RabbitMash: accelerating hash-based genome analysis on modern multi-core architectures

Autoren:: Yin, Zekun; Xu, Xiaoming; Zhang, Jinxiao; Wei, Yanjie; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Editoren:: Elofsson, Arne
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

51. RabbitQCPlus: More Efficient Quality Control for Sequencing Data

Autoren:: Yan, Lifeng; Yin, Zekun; Zhang, Hao; Zhao, Zhan; Wang, Mingkai; Muller, Andre; Kobus, Robin; Wei, Yanjie; Niu, Beifang; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Editoren:: Adjeroh, Donald A; Long, Qi; Shi, Xinghua Mindy; Guo, Fei; Hu, Xiaohua; Aluru, Srinivas; Narasimhan, Giri; Wang, Jianxin; Kang, Mingon; Mondal, Ananda; Liu, Jin
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Konferenzbeitrag

52. rapidGSEA: Speeding up gene set enrichment analysis on multi-core CPUs and CUDA-enabled GPUs

Autoren:: Hundt, Christian; Hildebrandt, Andreas; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

53. SWMapper: Scalable Read Mapper on SunWay TaihuLight

Autoren:: Xu, Kai; Duan, Xiaohui; Meng, Xiangxu; Li, Xin; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Editoren:: Amaral, José Nelson; John, Lizy Kurian; Shen, Xipeng
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Typ:: Konferenzbeitrag

54. SAUCE: A Web-Based Automated Assessment Tool for Teaching Parallel Programming

Autoren:: Schlarb, Moritz; Hundt, Christian; Schmidt, Bertil
Editoren:: Hunold, Sascha; Costan, Alexandru; Giménez, Domingo; Iosup, Alexandru; Ricci, Laura; Requena, María Engracia Gómez; Scarano, Vittorio; Varbanescu, Ana Lucia; Scott, Stephen L; Lankes, Stefan; Weidendorfer, Josef; Alexander, Michael
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Konferenzbeitrag

55. Optimization of Reactive Force Field Simulation: Refactor, Parallelization, and Vectorization for Interactions

Autoren:: Gao, Ping; Duan, Xiaohui; Schmidt, Bertil; Zhang, Wusheng; Gan, Lin; Fu, Haohuan; Xue, Wei; Liu, Weiguo; Yang, Guangwen
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

56. Millimeter-Scale and Billion-Atom Reactive Force Field Simulation on Sunway Taihulight

Autoren:: Gao, Ping; Duan, Xiaohui; Zhang, Tingjian; Zhang, Meng; Schmidt, Bertil; Zhang, Xun; Sun, Hongliang; Zhang, Wusheng; Gan, Lin; Xue, Wei; Fu, Haohuan; Liu, Weiguo; Yang, Guangwen
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

57. Combining GPU and FPGA Technology for Efficient Exhaustive Interaction Analysis in GWAS

Autoren:: Kaessens, Jan Christian; Wienbrandt, Lars; Schimmler, Manfred; Gonzalez-Dominguez, Jorge; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Konferenzbeitrag

58. MSAProbs-MPI: parallel multiple sequence aligner for distributed-memory systems

Autoren:: Gonzalez-Dominguez, Jorge; Liu, Yongchao; Tourino, Juan; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

59. kmcEx: memory-frugal and retrieval-efficient encoding of counted k-mers

Autoren:: Jiang, Peng; Luo, Jie; Wang, Yiqi; Deng, Pingji; Schmidt, Bertil; Tang, Xiangjun; Chen, Ningjiang; Wong, Limsoon; Zhao, Liang
Editoren:: Berger, Bonnie
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

60. Massively Parallel ANS Decoding on GPUs

Autoren:: Weissenberger, Andre; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Typ:: Konferenzbeitrag

61. Fast and efficient short read mapping based on a succinct hash index

Autoren:: Zhang, Haowen; Chan, Yuandong; Fan, Kaichao; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Veröffentlichungsdatum:: 2018
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

62. mD3DOCKxb: An Ultra-Scalable CPU-MIC Coordinated Virtual Screening Framework

Autoren:: Peng, Shaoliang; Zhang, Xiaoyu; Yang, Shunyun; Su, Wenhe; Zhang, Zhiqiang; Dong, Dong; Lu, Kai; Lu, Yutong; Liao, Xiangke; Schmidt, Bertil; Zhu, Weiliang; Li, Kuan-Ching
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Konferenzbeitrag

63. SWhybrid: A Hybrid-Parallel Framework for Large-Scale Protein Sequence Database Search

Autoren:: Lan, Haidong; Liu, Weiguo; Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Konferenzbeitrag

64. S-Aligner: Ultrascalable read mapping on Sunway Taihu Light

Autoren:: Duan, Xiaohui; Xu, Kai; Chan, Yuandong; Liu, Weiguo; Hundt, Christian; Schmidt, Bertil; Balaji, Pavan
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Konferenzbeitrag

65. Mapping of option pricing algorithms onto heterogeneous many-core architectures

Autoren:: Zhang, Shuai; Wang, Zhao; Peng, Ying; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

66. CLOVE: classification of genomic fusions into structural variation events

Autoren:: Schroder, Jan; Wirawan, Adrianto; Schmidt, Bertil; Papenfuss, Anthony T
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

67. Bio-ESMD: A Data Centric Implementation for Large-Scale Biological System Simulation on Sunway TaihuLight Supercomputer

Autoren:: Duan, Xiaohui; Shao, Qi; Weng, Junben; Schmidt, Bertil; Gan, Lin; Li, Guohui; Fu, Haohuan; Xue, Wei; Liu, Weiguo; Yang, Guangwen
Veröffentlichungsdatum:: 2023
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

68. Redesigning and Optimizing UCSF DOCK3.7 on Sunway TaihuLight

Autoren:: Xu, Kai; Zhang, Jinxiao; Duan, Xiaohui; Wan, Xiaobo; Huang, Niu; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo; Yang, Guangwen
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

69. Accelerating JPEG Decompression on GPUs

Autoren:: Weissenberger, Andre; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Typ:: Konferenzbeitrag

70. Cell-List based Molecular Dynamics on Many-Core Processors: A Case Study on Sunway TaihuLight Supercomputer

Autoren:: Duan, Xiaohui; Gao, Ping; Zhang, Meng; Zhang, Tingjian; Meng, Hongsong; Li, Yuxuan; Schmidt, Bertil; Fu, Haohuan; Gan, Lin; Xue, Wei; Liu, Weiguo; Yang, Guangwen
Editoren:: Cuicchi, Christine; Qualters, Irene; Kramer, William T
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Typ:: Konferenzbeitrag

71. Parallel algorithms for large-scale biological sequence alignment on Xeon-Phi based clusters

Autoren:: Lan, Haidong; Chan, Yuandong; Xu, Kai; Schmidt, Bertil; Peng, Shaoliang; Liu, Weiguo
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

72. Parallel and Space-Efficient Construction of Burrows-Wheeler Transform and Suffix Array for Big Genome Data

Autoren:: Liu, Yongchao; Hankeln, Thomas; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

73. Accelerating Large-Scale Biological Database Search on Xeon Phi-based Neo-Heterogeneous Architectures

Autoren:: Lan, Haidong; Liu, Weiguo; Schmidt, Bertil; Wang, Bingqiang
Editoren:: Huan, Jun; Miyano, Satoru; Shehu, Amarda; Hu, Xiaohua Tony; Ma, Bin; Rajasekaran, Sanguthevar; Gombar, Vijay K; Schapranow, Matthieu-P; Yoo, Illhoi; Zhou, Jiayu; Chen, Brian; Pai, Vinay; Pierce, Brian G
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Konferenzbeitrag

74. SNVSniffer: an integrated caller for germline and somatic single-nucleotide and indel mutations

Autoren:: Liu, Yongchao; Loewer, Martin; Aluru, Srinivas; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

75. Bit-parallel approximate pattern matching: Kepler GPU versus Xeon Phi

Autoren:: Tuan, Tu Tran; Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

76. A Parallel Algorithm for Error Correction in High-Throughput Short-Read Data on CUDA-Enabled Graphics Hardware

Autoren:: Shi, Haixiang; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo; Mueller-Wittig, Wolfgang
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

77. Constructing large suffix trees on a computational grid

Autoren:: Chen, Chunxi; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2006
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

78. Parallel pattern-based systems for computational biology: A case study

Autoren:: Liu, Weiguo; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2006
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

79. Accelerating the Viterbi algorithm for Profile Hidden Markov Models using reconfigurable hardware

Autoren:: Oliver, Timothy F; Schmidt, Bertil; Jakop, Yanto; Maskell, Douglas L
Editoren:: Alexandrov, Vassil N; Albada, G Dick van; Sloot, Peter MA; Dongarra, Jack J
Veröffentlichungsdatum:: 2006
Typ:: Konferenzbeitrag

80. Multi-objective evolutionary algorithm for discovering peptide binding motifs

Autoren:: Rajapakse, Menaka; Schmidt, Bertil; Brusic, Vladimir
Editoren:: Rothlauf, Franz; Branke, Jürgen; Cagnoni, Stefano; Costa, Ernesto; Cotta, Carlos; Drechsler, Rolf; Lutton, Evelyne; Machado, Penousal; Moore, Jason H; Romero, Juan; Smith, George D; Squillero, Giovanni; Takagi, Hideyuki
Veröffentlichungsdatum:: 2006
Typ:: Konferenzbeitrag

81. Efficient and Accurate OTU Clustering with GPU-Based Sequence Alignment and Dynamic Dendrogram Cutting

Autoren:: Thuy-Diem, Nguyen; Schmidt, Bertil; Zheng, Zejun; Kwoh, Chee-Keong
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

82. Large-scale genome-wide association studies on a GPU cluster using a CUDA-accelerated PGAS programming model

Autoren:: Gonzalez-Dominguez, Jorge; Kaessens, Jan Christian; Wienbrandt, Lars; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

83. Faster GPU-Accelerated Smith-Waterman Algorithm with Alignment Backtracking for Short DNA Sequences

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Editoren:: Wyrzykowski, Roman; Dongarra, Jack J; Karczewski, Konrad; Wasniewski, Jerzy
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Konferenzbeitrag

84. CUDA-Accelerated Alignment of Subsequences in Streamed Time Series Data

Autoren:: Hundt, Christian; Schmidt, Bertil; Schoemer, Elmar
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Konferenzbeitrag

85. FPGA-based acceleration of detecting statistical epistasis in GWAS

Autoren:: Wienbrandt, Lars; Kaessens, Jan Christian; Gonzalez-Dominguez, Jorge; Schmidt, Bertil; Ellinghaus, David; Sehimmler, Manfred
Editoren:: Abramson, David; Lees, Michael; Krzhizhanovskaya, Valeria V; Dongarra, Jack J; Sloot, Peter MA
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Konferenzbeitrag

86. CUSHAW2-GPU: Empowering Faster Gapped Short-Read Alignment Using GPU Computing

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

87. Iterative sparse matrix-vector multiplication for accelerating the block Wiedemann algorithm over GF(2) on multi-graphics processing unit systems

Autoren:: Schmidt, Bertil; Aribowo, Hans; Hoang-Vu, Dang
Veröffentlichungsdatum:: 2013
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

88. A hybrid short read mapping accelerator

Autoren:: Chen, Yupeng; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L
Veröffentlichungsdatum:: 2013
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

89. CUDA-BLASTP: Accelerating BLASTP on CUDA-Enabled Graphics Hardware

Autoren:: Liu, Weiguo; Schmidt, Bertil; Mueller-Wittig, Wolfgang
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

90. DecGPU: distributed error correction on massively parallel graphics processing units using CUDA and MPI

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

91. CompleteMOTIFs: DNA motif discovery platform for transcription factor binding experiments

Autoren:: Kuttippurathu, Lakshmi; Hsing, Michael; Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L; Lee, Kyungjoon; He, Aibin; Pu, William T; Kong, Sek Won
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

92. CUDA-MEME: Accelerating motif discovery in biological sequences using CUDA-enabled graphics processing units

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo; Maskell, Douglas L
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

93. MPI-HMMER-Boost: Distributed FPGA acceleration

Autoren:: Walters, John Paul; Meng, Xiandong; Chaudhary, Vipin; Oliver, Tim; Yeow, Leow Yuan; Nathan, Darran; Schmidt, Bertil; Landman, Joseph
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

94. Performance analysis of general-purpose computation on commodity graphics hardware:: A case study using bioinformatics

Autoren:: Liu, Weiguo; Mueller-Wittig, Wolfgang; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

95. Streaming algorithms for biological sequence alignment on GPUs

Autoren:: Liu, Weiguo; Schmidt, Bertil; Voss, Gerrit; Mueller-Wittig, Wolfgang
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

96. Multi-threaded vectorized distance matrix computation on the CELL/BE and x86/SSE2 architectures

Autoren:: Wirawan, Adrianto; Kwoh, Chee Keong; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

97. High Speed Biological Sequence Analysis With Hidden Markov Models on Reconfigurable Platforms

Autoren:: Oliver, Timothy F; Schmidt, Bertil; Jakop, Yanto; Maskell, Douglas L
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

98. A fast hybrid short read fragment assembly algorithm

Autoren:: Schmidt, Bertil; Sinha, Ranjan; Beresford-Smith, Bryan; Puglisi, Simon J
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

99. SHREC: a short-read error correction method

Autoren:: Schroeder, Jan; Schroeder, Heiko; Puglisi, Simon J; Sinha, Ranjan; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

100. Accelerating molecular dynamics simulations using Graphics Processing Units with CUDA

Autoren:: Liu, Weiguo; Schmidt, Bertil; Voss, Gerrit; Mueller-Wittig, Wolfgang
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

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