Author: Schmidt, Bertil / Data source: Crossref and DBLP - Universitätsbibliographie Search Results

1. SAUCE: A web application for interactive teaching and learning of parallel programming

Autoren:: Hundt, Christian; Schlarb, Moritz; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Type:: Journal article

2. Second Workshop on using Emerging Parallel Architectures

Autoren:: Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas
Editoren:: Sloot, Peter MA; Albada, G Dick van; Dongarra, Jack J
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Type:: Conference

3. A bit-serial floating-point unit for a massively parallel system on a chip

Autoren:: Schimmler *, Manfred; Schmidt, Bertil; Lang ‡, Hans-Werner
Veröffentlichungsdatum:: 2004
Type:: Journal article

4. Fourth Workshop on using Emerging Parallel Architectures

Autoren:: Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas
Editoren:: Ali, Hesham H; Shi, Yong; Khazanchi, Deepak; Lees, Michael; Albada, G Dick van; Dongarra, Jack J; Sloot, Peter MA
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Type:: Conference

5. A survey of desktop grid applications for e-science

Autoren:: Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Type:: Journal article

6. Pairwise Distance Matrix Computation for Multiple Sequence Alignment on the Cell Broadband Engine

Autoren:: Wirawan, Adrianto; Schmidt, Bertil; Kwoh, Chee Keong
Editoren:: Allen, Gabrielle; Nabrzyski, Jaroslaw; Seidel, Edward; Albada, G Dick van; Dongarra, Jack J; Sloot, Peter MA
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Type:: Conference

7. Hybrid CPU/GPU Acceleration of Detection of 2-SNP Epistatic Interactions in GWAS

Autoren:: González-Domínguez, Jorge; Schmidt, Bertil; Kässens, Jan Christian; Wienbrandt, Lars
Editoren:: Silva, Fernando MA; Dutra, Inês de Castro; Costa, Vítor Santos
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Type:: Conference

8. Accelerating BLASTP on the Cell Broadband Engine

Autoren:: Zhang, Huiliang; Schmidt, Bertil; Müller-Wittig, Wolfgang
Editoren:: Chetty, Madhu; Ngom, Alioune; Ahmad, Shandar
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Type:: Conference

9. A Reconfigurable Bloom Filter Architecture for BLASTN

Autoren:: Chen, Yupeng; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L
Editoren:: Berekovic, Mladen; Müller-Schloer, Christian; Hochberger, Christian; Wong, Stephan
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Type:: Conference

10. Iterative Sparse Matrix-Vector Multiplication for Integer Factorization on GPUs

Autoren:: Schmidt, Bertil; Aribowo, Hans; Dang, Hoang-Vu
Editoren:: Jeannot, Emmanuel; Namyst, Raymond; Roman, Jean
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Type:: Conference

11. Fast dendrogram-based OTU clustering using sequence embedding

Autoren:: Nguyen, Thuy-Diem; Schmidt, Bertil; Kwoh, Chee-Keong
Editoren:: Baldi, Pierre; Wang, Wei
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Type:: Conference

12. CRiSPy-CUDA: Computing Species Richness in 16S rRNA Pyrosequencing Datasets with CUDA

Autoren:: Zheng, Zejun; Nguyen, Thuy-Diem; Schmidt, Bertil
Editoren:: Loog, Marco; Wessels, Lodewyk FA; Reinders, Marcel JT; Ridder, Dick de
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Type:: Conference

13. Accelerating short read mapping on an FPGA (abstract only)

Autoren:: Chen, Yupeng; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas Leslie
Editoren:: Compton, Katherine; Hutchings, Brad L
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Type:: Conference

14. C-Based Design Methodology for FPGA Implementation of ClustalW MSA

Autoren:: Aung, Yan Lin; Maskell, Douglas L; Oliver, Timothy F; Schmidt, Bertil; Bong, William
Editoren:: Rajapakse, Jagath C; Schmidt, Bertil; Volkert, L Gwenn
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Type:: Conference

15. Hyper customized processors for bio-sequence database scanning on FPGAs

Autoren:: Oliver, Tim; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas
Editoren:: Schmit, Herman; Wilton, Steven JE
Veröffentlichungsdatum:: 2005
Type:: Conference

16. GPU-MEME: Using Graphics Hardware to Accelerate Motif Finding in DNA Sequences

Autoren:: Chen, Chen; Schmidt, Bertil; Weiguo, Liu; Müller-Wittig, Wolfgang
Editoren:: Chetty, Madhu; Ngom, Alioune; Ahmad, Shandar
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Type:: Conference

17. UPC++ for bioinformatics: A case study using genome-wide association studies

Autoren:: Kassens, Jan C; Gonzalez-Dominguez, Jorge; Wienbrandt, Lars; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Type:: Conference

18. An Ultrafast Scalable Many-Core Motif Discovery Algorithm for Multiple GPUs

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Type:: Conference

19. Accelerating bioinformatics applications via emerging parallel computing systems [Guest editorial]

Autoren:: Gomez-Pulido, Juan A; Schmidt, Bertil; Feng, Wu-chun
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Type:: Journal article

20. SWAPHI: Smith-waterman protein database search on Xeon Phi coprocessors

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Type:: Conference

21. An FPGA aligner for short read mapping

Autoren:: Chen, Yupeng; Schmidt, Bertil; Maksell, Douglas L
Editoren:: Koch, Dirk; Singh, Satnam; Tørresen, Jim
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Type:: Conference

22. Performance Predictions for General-Purpose Computation on GPUs

Autoren:: Liu, Weiguo; Muller-Wittig, Wolfgang; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Type:: Conference

23. Mapping of BLASTP Algorithm onto GPU Clusters

Autoren:: Liu, Weiguo; Schmidt, Bertil; Liu, Yongchao; Voss, Gerrit; Mueller-Wittig, Wolfgang
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Type:: Conference

24. Evaluation of GPU-based Seed Generation for Computational Genomics Using Burrows-Wheeler Transform

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Type:: Conference

25. High Performance Database Searching with HMMer on FPGAs

Autoren:: Oliver, Tim; Yeow, Leow Yuan; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Type:: Conference

26. Comparative phyloinformatics of virus genes at micro and macro levels in a distributed computing environment

Autoren:: Singh, Dadabhai T; Trehan, Rahul; Schmidt, Bertil; Bretschneider, Timo
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Type:: Journal article

27. Fast Schedulability Analysis Using Commodity Graphics Hardware

Autoren:: Feng, Jimin; Chakraborty, Samarjit; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo; Bordoloi, Unmesh D
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Type:: Conference

28. The Sliced COO Format for Sparse Matrix-Vector Multiplication on CUDA-enabled GPUs

Autoren:: Dang, Hoang-Vu; Schmidt, Bertil
Editoren:: Ali, Hesham H; Shi, Yong; Khazanchi, Deepak; Lees, Michael; Albada, G Dick van; Dongarra, Jack J; Sloot, Peter MA
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Type:: Conference

29. Solving the Bottleneck Problem in Bioinformatics Computing: An Architectural Perspective

Autoren:: Lin, Feng; Schröder, Heiko; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Type:: Journal article

30. Bit-Parallel Approximate Pattern Matching on the Xeon Phi Coprocessor

Autoren:: Tran, Tuan Tu; Schindel, Simon; Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Type:: Conference

31. Quality-score guided error correction for short-read sequencing data using CUDA

Autoren:: Shi, Haixiang; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo; Müller-Wittig, Wolfgang
Editoren:: Sloot, Peter MA; Albada, G Dick van; Dongarra, Jack J
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Type:: Conference

32. SNVSniffer: An integrated caller for germline and somatic SNVs based on Bayesian models

Autoren:: Liu, Yongchao; Loewer, Martin; Aluru, Srinivas; Schmidt, Bertil
Editoren:: Huan, Jun; Miyano, Satoru; Shehu, Amarda; Hu, Xiaohua Tony; Ma, Bin; Rajasekaran, Sanguthevar; Gombar, Vijay K; Schapranow, Matthieu-P; Yoo, Illhoi; Zhou, Jiayu; Chen, Brian; Pai, Vinay; Pierce, Brian G
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Type:: Conference

33. RabbitMash: accelerating hash-based genome analysis on modern multi-core architectures

Autoren:: Yin, Zekun; Xu, Xiaoming; Zhang, Jinxiao; Wei, Yanjie; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Editoren:: Elofsson, Arne
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Type:: Journal article

34. RabbitQCPlus: More Efficient Quality Control for Sequencing Data

Autoren:: Yan, Lifeng; Yin, Zekun; Zhang, Hao; Zhao, Zhan; Wang, Mingkai; Muller, Andre; Kobus, Robin; Wei, Yanjie; Niu, Beifang; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Editoren:: Adjeroh, Donald A; Long, Qi; Shi, Xinghua Mindy; Guo, Fei; Hu, Xiaohua; Aluru, Srinivas; Narasimhan, Giri; Wang, Jianxin; Kang, Mingon; Mondal, Ananda; Liu, Jin
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Type:: Conference

35. rapidGSEA: Speeding up gene set enrichment analysis on multi-core CPUs and CUDA-enabled GPUs

Autoren:: Hundt, Christian; Hildebrandt, Andreas; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Type:: Journal article

36. SWMapper: Scalable Read Mapper on SunWay TaihuLight

Autoren:: Xu, Kai; Duan, Xiaohui; Meng, Xiangxu; Li, Xin; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Editoren:: Amaral, José Nelson; John, Lizy Kurian; Shen, Xipeng
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Type:: Conference

37. SAUCE: A Web-Based Automated Assessment Tool for Teaching Parallel Programming

Autoren:: Schlarb, Moritz; Hundt, Christian; Schmidt, Bertil
Editoren:: Hunold, Sascha; Costan, Alexandru; Giménez, Domingo; Iosup, Alexandru; Ricci, Laura; Requena, María Engracia Gómez; Scarano, Vittorio; Varbanescu, Ana Lucia; Scott, Stephen L; Lankes, Stefan; Weidendorfer, Josef; Alexander, Michael
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Type:: Conference

38. Optimization of Reactive Force Field Simulation: Refactor, Parallelization, and Vectorization for Interactions

Autoren:: Gao, Ping; Duan, Xiaohui; Schmidt, Bertil; Zhang, Wusheng; Gan, Lin; Fu, Haohuan; Xue, Wei; Liu, Weiguo; Yang, Guangwen
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Type:: Journal article

39. Combining GPU and FPGA Technology for Efficient Exhaustive Interaction Analysis in GWAS

Autoren:: Kaessens, Jan Christian; Wienbrandt, Lars; Schimmler, Manfred; Gonzalez-Dominguez, Jorge; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Type:: Conference

40. MSAProbs-MPI: parallel multiple sequence aligner for distributed-memory systems

Autoren:: Gonzalez-Dominguez, Jorge; Liu, Yongchao; Tourino, Juan; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Type:: Journal article

41. kmcEx: memory-frugal and retrieval-efficient encoding of counted k-mers

Autoren:: Jiang, Peng; Luo, Jie; Wang, Yiqi; Deng, Pingji; Schmidt, Bertil; Tang, Xiangjun; Chen, Ningjiang; Wong, Limsoon; Zhao, Liang
Editoren:: Berger, Bonnie
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Type:: Journal article

42. Massively Parallel ANS Decoding on GPUs

Autoren:: Weissenberger, Andre; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Type:: Conference

43. Fast and efficient short read mapping based on a succinct hash index

Autoren:: Zhang, Haowen; Chan, Yuandong; Fan, Kaichao; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Veröffentlichungsdatum:: 2018
Type:: Journal article

44. mD3DOCKxb: An Ultra-Scalable CPU-MIC Coordinated Virtual Screening Framework

Autoren:: Peng, Shaoliang; Zhang, Xiaoyu; Yang, Shunyun; Su, Wenhe; Zhang, Zhiqiang; Dong, Dong; Lu, Kai; Lu, Yutong; Liao, Xiangke; Schmidt, Bertil; Zhu, Weiliang; Li, Kuan-Ching
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Type:: Conference

45. SWhybrid: A Hybrid-Parallel Framework for Large-Scale Protein Sequence Database Search

Autoren:: Lan, Haidong; Liu, Weiguo; Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Type:: Conference

46. S-Aligner: Ultrascalable read mapping on Sunway Taihu Light

Autoren:: Duan, Xiaohui; Xu, Kai; Chan, Yuandong; Liu, Weiguo; Hundt, Christian; Schmidt, Bertil; Balaji, Pavan
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Type:: Conference

47. Mapping of option pricing algorithms onto heterogeneous many-core architectures

Autoren:: Zhang, Shuai; Wang, Zhao; Peng, Ying; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Type:: Journal article

48. CLOVE: classification of genomic fusions into structural variation events

Autoren:: Schroder, Jan; Wirawan, Adrianto; Schmidt, Bertil; Papenfuss, Anthony T
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Type:: Journal article

49. Accelerating JPEG Decompression on GPUs

Autoren:: Weissenberger, Andre; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Type:: Conference

50. Cell-List based Molecular Dynamics on Many-Core Processors: A Case Study on Sunway TaihuLight Supercomputer

Autoren:: Duan, Xiaohui; Gao, Ping; Zhang, Meng; Zhang, Tingjian; Meng, Hongsong; Li, Yuxuan; Schmidt, Bertil; Fu, Haohuan; Gan, Lin; Xue, Wei; Liu, Weiguo; Yang, Guangwen
Editoren:: Cuicchi, Christine; Qualters, Irene; Kramer, William T
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Type:: Conference

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