Publikationsart: Zeitschriftenaufsatz / Autor: Schmidt, Bertil / Datenquelle: DBLP

1. SAUCE: A web application for interactive teaching and learning of parallel programming

Autoren:: Hundt, Christian; Schlarb, Moritz; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

2. $ν$-net: Deep Learning for Generalized Biventricular Cardiac Mass and Function Parameters.

Autoren:: Winther, Hinrich B; Hundt, Christian; Schmidt, Bertil; Czerner, Christoph; Bauersachs, Johann; Wacker, Frank K; Vogel-Claussen, Jens
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

3. A bit-serial floating-point unit for a massively parallel system on a chip

Autoren:: Schimmler *, Manfred; Schmidt, Bertil; Lang ‡, Hans-Werner
Veröffentlichungsdatum:: 2004
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

4. A survey of desktop grid applications for e-science

Autoren:: Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

5. Accelerating bioinformatics applications via emerging parallel computing systems [Guest editorial]

Autoren:: Gomez-Pulido, Juan A; Schmidt, Bertil; Feng, Wu-chun
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

6. A Hybrid Architecture for Multimedia Processors.

Autoren:: Schmidt, Bertil; Schröder, Heiko
Veröffentlichungsdatum:: 2001
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

7. Tomographic Image Reconstruction on the Instruction Systolic Array.

Autoren:: Schmidt, Bertil; Schröder, Heiko; Schimmler, Manfred
Veröffentlichungsdatum:: 2001
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

8. Comparative phyloinformatics of virus genes at micro and macro levels in a distributed computing environment

Autoren:: Singh, Dadabhai T; Trehan, Rahul; Schmidt, Bertil; Bretschneider, Timo
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

9. High performance protein sequence database scanning on the Cell Broadband Engine.

Autoren:: Wirawan, Adrianto; Schmidt, Bertil; Zhang, Huiliang; Kwoh, Chee Keong
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

10. Solving the Bottleneck Problem in Bioinformatics Computing: An Architectural Perspective

Autoren:: Lin, Feng; Schröder, Heiko; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

11. RabbitMash: accelerating hash-based genome analysis on modern multi-core architectures

Autoren:: Yin, Zekun; Xu, Xiaoming; Zhang, Jinxiao; Wei, Yanjie; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Editoren:: Elofsson, Arne
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

12. rapidGSEA: Speeding up gene set enrichment analysis on multi-core CPUs and CUDA-enabled GPUs

Autoren:: Hundt, Christian; Hildebrandt, Andreas; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

13. Optimization of Reactive Force Field Simulation: Refactor, Parallelization, and Vectorization for Interactions

Autoren:: Gao, Ping; Duan, Xiaohui; Schmidt, Bertil; Zhang, Wusheng; Gan, Lin; Fu, Haohuan; Xue, Wei; Liu, Weiguo; Yang, Guangwen
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

14. MSAProbs-MPI: parallel multiple sequence aligner for distributed-memory systems

Autoren:: Gonzalez-Dominguez, Jorge; Liu, Yongchao; Tourino, Juan; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

15. kmcEx: memory-frugal and retrieval-efficient encoding of counted k-mers

Autoren:: Jiang, Peng; Luo, Jie; Wang, Yiqi; Deng, Pingji; Schmidt, Bertil; Tang, Xiangjun; Chen, Ningjiang; Wong, Limsoon; Zhao, Liang
Editoren:: Berger, Bonnie
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

16. Fast and efficient short read mapping based on a succinct hash index

Autoren:: Zhang, Haowen; Chan, Yuandong; Fan, Kaichao; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Veröffentlichungsdatum:: 2018
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

17. Mapping of option pricing algorithms onto heterogeneous many-core architectures

Autoren:: Zhang, Shuai; Wang, Zhao; Peng, Ying; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

18. CLOVE: classification of genomic fusions into structural variation events

Autoren:: Schroder, Jan; Wirawan, Adrianto; Schmidt, Bertil; Papenfuss, Anthony T
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

19. Parallel algorithms for large-scale biological sequence alignment on Xeon-Phi based clusters

Autoren:: Lan, Haidong; Chan, Yuandong; Xu, Kai; Schmidt, Bertil; Peng, Shaoliang; Liu, Weiguo
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

20. Parallel and Space-Efficient Construction of Burrows-Wheeler Transform and Suffix Array for Big Genome Data

Autoren:: Liu, Yongchao; Hankeln, Thomas; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

21. SNVSniffer: an integrated caller for germline and somatic single-nucleotide and indel mutations

Autoren:: Liu, Yongchao; Loewer, Martin; Aluru, Srinivas; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

22. Bit-parallel approximate pattern matching: Kepler GPU versus Xeon Phi

Autoren:: Tuan, Tu Tran; Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

23. A Parallel Algorithm for Error Correction in High-Throughput Short-Read Data on CUDA-Enabled Graphics Hardware

Autoren:: Shi, Haixiang; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo; Mueller-Wittig, Wolfgang
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

24. Constructing large suffix trees on a computational grid

Autoren:: Chen, Chunxi; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2006
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

25. Parallel pattern-based systems for computational biology: A case study

Autoren:: Liu, Weiguo; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2006
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

26. Efficient and Accurate OTU Clustering with GPU-Based Sequence Alignment and Dynamic Dendrogram Cutting

Autoren:: Thuy-Diem, Nguyen; Schmidt, Bertil; Zheng, Zejun; Kwoh, Chee-Keong
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

27. Large-scale genome-wide association studies on a GPU cluster using a CUDA-accelerated PGAS programming model

Autoren:: Gonzalez-Dominguez, Jorge; Kaessens, Jan Christian; Wienbrandt, Lars; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

28. CUSHAW2-GPU: Empowering Faster Gapped Short-Read Alignment Using GPU Computing

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

29. Iterative sparse matrix-vector multiplication for accelerating the block Wiedemann algorithm over GF(2) on multi-graphics processing unit systems

Autoren:: Schmidt, Bertil; Aribowo, Hans; Hoang-Vu, Dang
Veröffentlichungsdatum:: 2013
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

30. A hybrid short read mapping accelerator

Autoren:: Chen, Yupeng; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L
Veröffentlichungsdatum:: 2013
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

31. CUDA-BLASTP: Accelerating BLASTP on CUDA-Enabled Graphics Hardware

Autoren:: Liu, Weiguo; Schmidt, Bertil; Mueller-Wittig, Wolfgang
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

32. DecGPU: distributed error correction on massively parallel graphics processing units using CUDA and MPI

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

33. CompleteMOTIFs: DNA motif discovery platform for transcription factor binding experiments

Autoren:: Kuttippurathu, Lakshmi; Hsing, Michael; Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L; Lee, Kyungjoon; He, Aibin; Pu, William T; Kong, Sek Won
Veröffentlichungsdatum:: 2011
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

34. CUDA-MEME: Accelerating motif discovery in biological sequences using CUDA-enabled graphics processing units

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo; Maskell, Douglas L
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

35. MPI-HMMER-Boost: Distributed FPGA acceleration

Autoren:: Walters, John Paul; Meng, Xiandong; Chaudhary, Vipin; Oliver, Tim; Yeow, Leow Yuan; Nathan, Darran; Schmidt, Bertil; Landman, Joseph
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

36. Performance analysis of general-purpose computation on commodity graphics hardware:: A case study using bioinformatics

Autoren:: Liu, Weiguo; Mueller-Wittig, Wolfgang; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

37. Streaming algorithms for biological sequence alignment on GPUs

Autoren:: Liu, Weiguo; Schmidt, Bertil; Voss, Gerrit; Mueller-Wittig, Wolfgang
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

38. Multi-threaded vectorized distance matrix computation on the CELL/BE and x86/SSE2 architectures

Autoren:: Wirawan, Adrianto; Kwoh, Chee Keong; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

39. High Speed Biological Sequence Analysis With Hidden Markov Models on Reconfigurable Platforms

Autoren:: Oliver, Timothy F; Schmidt, Bertil; Jakop, Yanto; Maskell, Douglas L
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

40. A fast hybrid short read fragment assembly algorithm

Autoren:: Schmidt, Bertil; Sinha, Ranjan; Beresford-Smith, Bryan; Puglisi, Simon J
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

41. SHREC: a short-read error correction method

Autoren:: Schroeder, Jan; Schroeder, Heiko; Puglisi, Simon J; Sinha, Ranjan; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2009
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

42. Accelerating molecular dynamics simulations using Graphics Processing Units with CUDA

Autoren:: Liu, Weiguo; Schmidt, Bertil; Voss, Gerrit; Mueller-Wittig, Wolfgang
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

43. Integrating FPGA acceleration into HMMer

Autoren:: Oliver, Tim; Yeow, Leow Yuan; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

44. CBESW: Sequence Alignment on the Playstation 3

Autoren:: Wirawan, Adrianto; Kwoh, Chee Keong; Hieu, Nim Tri; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

45. A hybrid computational grid architecture for comparative genomics

Autoren:: Singh, Aarti; Chen, Chen; Liu, Weiguo; Mitchell, Wayne; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2008
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

46. Predicting peptides binding to MHC class II molecules using multi-objective evolutionary algorithms

Autoren:: Rajapakse, Menaka; Schmidt, Bertil; Feng, Lin; Brusic, Vladimir
Veröffentlichungsdatum:: 2007
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

47. Redesign and Accelerate the AIREBO Bond-Order Potential on the New Sunway Supercomputer

Autoren:: Gao, Ping; Duan, Xiaohui; Schmidt, Bertil; Wan, Wubing; Guo, Jiaxu; Zhang, Wusheng; Gan, Lin; Fu, Haohuan; Xue, Wei; Liu, Weiguo; Yang, Guangwen
Veröffentlichungsdatum:: 2023
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

48. RabbitV: fast detection of viruses and microorganisms in sequencing data on multi-core architectures.

Autoren:: Zhang, Hao; Chang, Qixin; Yin, Zekun; Xu, Xiaoming; Wei, Yanjie; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

49. AnySeq/GPU: A Novel Approach for Faster Sequence Alignment on GPUs.

Autoren:: Müller, André; Schmidt, Bertil; Membarth, Richard; Leißa, Roland; Hack, Sebastian
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

50. Accelerating JPEG Decompression on GPUs.

Autoren:: Weißenberger, André; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

51. Reconfigurable Accelerator for the Word-Matching Stage of BLASTN

Autoren:: Chen, Yupeng; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L
Veröffentlichungsdatum:: 2013
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

52. High-speed exhaustive 3-locus interaction epistasis analysis on FPGAs

Autoren:: Kaessens, Jan Christian; Wienbrandt, Lars; Gonzalez-Dominguez, Jorge; Schmidt, Bertil; Schimmler, Manfred
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

53. GPU-accelerated exhaustive search for third-order epistatic interactions in case-control studies

Autoren:: Gonzalez-Dominguez, Jorge; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

54. Parallelizing Epistasis Detection in GWAS on FPGA and GPU-Accelerated Computing Systems

Autoren:: Gonzalez-Dominguez, Jorge; Wienbrandt, Lars; Kaessens, Jan Christian; Ellinghaus, David; Schimmler, Manfred; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

55. CUDA-enabled Sparse Matrix-Vector Multiplication on GPUs using atomic operations

Autoren:: Dang, Hoang-Vu; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2013
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

56. MSAProbs: multiple sequence alignment based on pair hidden Markov models and partition function posterior probabilities

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

57. RabbitKSSD: accelerating genome distance estimation on modern multi-core architectures

Autoren:: Xu, Xiaoming; Yin, Zekun; Yan, Lifeng; Yi, Huiguang; Wang, Hua; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Editoren:: Marschall, Tobias
Veröffentlichungsdatum:: 2023
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

58. FeatherCNN: Fast Inference Computation with TensorGEMM on ARM Architectures

Autoren:: Lan, Haidong; Meng, Jintao; Hundt, Christian; Schmidt, Bertil; Deng, Minwen; Wang, Xiaoning; Liu, Weiguo; Qiao, Yu; Feng, Shengzhong
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

59. Automatic Generation of High-Performance Convolution Kernels on ARM CPUs for Deep Learning

Autoren:: Meng, Jintao; Zhuang, Chen; Chen, Peng; Wahib, Mohamed; Schmidt, Bertil; Wang, Xiao; Lan, Haidong; Wu, Dou; Deng, Minwen; Wei, Yanjie; Feng, Shengzhong
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

60. Parallel Pairwise Epistasis Detection on Heterogeneous Computing Architectures

Autoren:: Gonzalez-Dominguez, Jorge; Ramos, Sabela; Tourino, Juan; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

61. GSWABE: faster GPU-accelerated sequence alignment with optimal alignment retrieval for short DNA sequences

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2015
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

62. RabbitQC: high-speed scalable quality control for sequencing data

Autoren:: Yin, Zekun; Zhang, Hao; Liu, Meiyang; Zhang, Wen; Song, Honglei; Lan, Haidong; Wei, Yanjie; Niu, Beifang; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Editoren:: Berger, Bonnie
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

63. Long read alignment based on maximal exact match seeds

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

64. CUSHAW: a CUDA compatible short read aligner to large genomes based on the Burrows-Wheeler transform

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas L
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

65. Millimeter-Scale and Billion-Atom Reactive Force Field Simulation on Sunway Taihulight

Autoren:: Gao, Ping; Duan, Xiaohui; Zhang, Tingjian; Zhang, Meng; Schmidt, Bertil; Zhang, Xun; Sun, Hongliang; Zhang, Wusheng; Gan, Lin; Xue, Wei; Fu, Haohuan; Liu, Weiguo; Yang, Guangwen
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

66. Bio-ESMD: A Data Centric Implementation for Large-Scale Biological System Simulation on Sunway TaihuLight Supercomputer

Autoren:: Duan, Xiaohui; Shao, Qi; Weng, Junben; Schmidt, Bertil; Gan, Lin; Li, Guohui; Fu, Haohuan; Xue, Wei; Liu, Weiguo; Yang, Guangwen
Veröffentlichungsdatum:: 2023
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

67. Redesigning and Optimizing UCSF DOCK3.7 on Sunway TaihuLight

Autoren:: Xu, Kai; Zhang, Jinxiao; Duan, Xiaohui; Wan, Xiaobo; Huang, Niu; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo; Yang, Guangwen
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

68. Musket: a multistage k-mer spectrum-based error corrector for Illumina sequence data

Autoren:: Liu, Yongchao; Schroeder, Jan; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2013
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

69. CARE: Context-Aware Sequencing Read Error Correction

Autoren:: Kallenborn, Felix; Hildebrandt, Andreas; Schmidt, Bertil
Editoren:: Birol, Inanc
Veröffentlichungsdatum:: 2021
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

70. Massively parallel computation of atmospheric neutrino oscillations on CUDA-enabled accelerators

Autoren:: Kallenborn, Felix; Hundt, Christian; Boeser, Sebastian; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

71. CARE 2.0: reducing false-positive sequencing error corrections using machine learning

Autoren:: Kallenborn, Felix; Cascitti, Julian; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

72. RabbitFX: Efficient Framework for FASTA/Q File Parsing on Modern Multi-Core Platforms

Autoren:: Zhang, Hao; Song, Honglei; Xu, Xiaoming; Chang, Qixin; Wang, Mingkai; Wei, Yanjie; Yin, Zekun; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Veröffentlichungsdatum:: 2023
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

73. CAREx: context-aware read extension of paired-end sequencing data

Autoren:: Kallenborn, Felix; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2024
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

74. CUDA-enabled hierarchical ward clustering of protein structures based on the nearest neighbour chain algorithm

Autoren:: Dang, Hoang-Vu; Schmidt, Bertil; Hildebrandt, Andreas; Tran, Tuan Tu; Hildebrandt, Anna Katharina
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

75. KPROC - An Instruction Systolic Architecture for Parallel Prefix Applications.

Autoren:: Schmidt, Bertil; Schimmler, Manfred
Veröffentlichungsdatum:: 2000
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

76. LightSpMV: Faster CUDA-Compatible Sparse Matrix-Vector Multiplication Using Compressed Sparse Rows

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2018
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

77. Pattern Recognition in Bioinformatics

Autoren:: Ahmad, Shandar; Chetty, Madhu; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2010
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

78. parSRA: A framework for the parallel execution of short read aligners on compute clusters

Autoren:: Gonzalez-Dominguez, Jorge; Hundt, Christian; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2018
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

79. Morphological hough transform on the instruction systolic array

Autoren:: Schmidt, Bertil; Schimmler, Manfred; Schröder, Heiko
Veröffentlichungsdatum:: 1997
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

80. High-speed Multiple Sequence Alignment on a reconfigurable platform

Autoren:: Oliver, Tim; Schmidt, Bertil; Maskell, Douglas; Nathan, Darran; Clemens, Ralf
Veröffentlichungsdatum:: 2006
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

81. BGSA: a bit-parallel global sequence alignment toolkit for multi-core and many-core architectures

Autoren:: Zhang, Jikai; Lan, Haidong; Chan, Yuandong; Shang, Yuan; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Editoren:: Birol, Inanc
Veröffentlichungsdatum:: 2019
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

82. CUDASW++ 3.0 : accelerating Smith-Waterman protein database search by coupling CPU and GPU SIMD instructions

Autoren:: Liu, Yongchao; Wirawan, Adrianto; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2013
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

83. AnySeq: A High Performance Sequence Alignment Library based on Partial Evaluation

Autoren:: Mueller, Andre; Schmidt, Bertil; Hildebrandt, Andreas; Membarth, Richard; Leissa, Roland; Kruse, Matthis; Hack, Sebastian
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

84. Scalable clustering by iterative partitioning and point attractor representation

Autoren:: Shao, Junming; Yang, Qinli; Dang, Hoang-Vu; Schmidt, Bertil; Kramer, Stefan
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

85. CUDA-accelerated protein electrostatics in linear space

Autoren:: Kemmer, Thomas; Hack, Sebastian; Schmidt, Bertil; Hildebrandt, Andreas
Veröffentlichungsdatum:: 2023
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

86. FMapper: Scalable read mapper based on succinct hash index on SunWay TaihuLight

Autoren:: Xu, Kai; Duan, Xiaohui; Muller, Andre; Kobus, Robin; Schmidt, Bertil; Liu, Weiguo
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

87. Accelerating metagenomic read classification on CUDA-enabled GPUs

Autoren:: Kobus, Robin; Hundt, Christian; Müller, André; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

88. ParDRe: faster parallel duplicated reads removal tool for sequencing studies

Autoren:: Gonzalez-Dominguez, Jorge; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2016
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

89. SWAPHI: Smith-Waterman Protein Database Search on Xeon Phi Coprocessors

Autoren:: Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

90. MetaCache: context-aware classification of metagenomic reads using minhashing

Autoren:: Mueller, Andre; Hundt, Christian; Hildebrandt, Andreas; Hankeln, Thomas; Schmidt, Bertil
Editoren:: Birol, Inanc
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

91. AnyDSL: A Partial Evaluation Framework for Programming High-Performance Libraries

Autoren:: Leissa, Roland; Boesche, Klaas; Hack, Sebastian; Perard-Gayot, Arsene; Membarth, Richard; Slusallek, Philipp; Mueller, Andre; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2018
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

92. AFS: identification and quantification of species composition by metagenomic sequencing

Autoren:: Liu, Yongchao; Ripp, Fabian; Koeppel, Rene; Schmidt, Hanno; Hellmann, Soeren Lukas; Weber, Mathias; Krombholz, Christopher Felix; Schmidt, Bertil; Hankeln, Thomas
Editoren:: Berger, Bonnie
Veröffentlichungsdatum:: 2017
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

93. WarpCore: A Library for fast Hash Tables on GPUs.

Autoren:: Jünger, Daniel; Kobus, Robin; Müller, André; Hundt, Christian; Xu, Kai; Liu, Weiguo; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

94. DySC : software for greedy clustering of 16S rRNA reads

Autoren:: Zheng, Zejun; Kramer, Stefan; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2012
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

95. A big data approach to metagenomics for all-food-sequencing

Autoren:: Kobus, Robin; Abuin, Jose M; Mueller, Andre; Hellmann, Soeren Lukas; Pichel, Juan C; Pena, Tomas F; Hildebrandt, Andreas; Hankeln, Thomas; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

96. RainDrop: Rapid activation matrix computation for droplet-based single-cell RNA-seq reads

Autoren:: Niebler, Stefan; Mueller, Andre; Hankeln, Thomas; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2020
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

97. General-purpose GPU hashing data structures and their application in accelerated genomics

Autoren:: Juenger, Daniel; Kobus, Robin; Mueller, Andre; Hundt, Christian; Xu, Kai; Liu, Weiguo; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

98. HECTOR : a parallel multistage homopolymer spectrum based error corrector for 454 sequencing data

Autoren:: Wirawan, Adrianto; Harris, Robert S; Liu, Yongchao; Schmidt, Bertil; Schröder, Jan
Veröffentlichungsdatum:: 2014
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

99. Locality-sensitive hashing enables efficient and scalable signal classification in high-throughput mass spectrometry raw data

Autoren:: Bob, Konstantin; Teschner, David; Kemmer, Thomas; Gomez-Zepeda, David; Tenzer, Stefan; Schmidt, Bertil; Hildebrandt, Andreas
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

100. RNACache: A scalable approach to rapid transcriptomic read mapping using locality sensitive hashing

Autoren:: Cascitti, Julian; Niebler, Stefan; Mueller, Andre; Schmidt, Bertil
Veröffentlichungsdatum:: 2022
Typ:: Zeitschriftenaufsatz

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